舞台是浅草。初中二年级的矢逆一稀、久慈悠、阵内燕太三人，某天遇到了神秘的河童型生命体“Keppi”，并被强行夺走了尻子玉而变成了河童。 “想要变回原状的话，就通过‘某个方法’产生联系，并把僵尸的尻子玉拿来吧”。Keppi如此告知三人。究竟少年们能否相互产生联系，并夺取僵尸的尻子玉呢？！与此同时，新星玲央和阿久津真武执勤的派出所，似乎也发生了什么。
【TVアニメ】 アークナイツ【焔燼曙明/RISE FROM EMBER】制作決定！ ドクター。また会えて…うれしいです。
2011 年，美国佛罗里达州。空条徐伦和她的爱人开车时发生了意外，她掉进了一个陷阱，被判在最高戒备的国家监狱绿海豚街监狱（又名“水族馆”）服刑 15 年。在绝望的边缘，她从父亲那里收到了一个吊坠，唤醒了她内心深处的神秘力量。“这个世界上有比死亡更可怕的事情，而在这座监狱里发生的事情绝对是其中之一。”出现在徐伦面前的神秘男孩向她传达了这条信息，令人费解的事件接连发生，父亲探监时告诉了她这一可怕的真相，以及“迪奥”这个名字……徐伦最终能否走出这座被称为监狱的石之海？最终对决拉开帷幕，乔斯达家族和迪奥长达百年的宿命对决即将结束！！
在德川幕府时代，日本幕府统治开始走向没落，对农民的压迫也空前惨烈，其时又有西方宗教传入日本，忍无可忍之下，暴发了农民起义，许多天主教农民揭竿而起反对幕府的统治，史称“岛原之乱”，轰动了整个日本，大大地冲击了当时的当权者。 当时的起义在1638年暴发，以妖异少年天草四郎为首的天主教徒，聚集农民和天主教徒三万七千余人发动了起义，攻击德川幕府的各地政权。起义军开始时势如破竹，连连击败幕府军队，攻下了几座城池，而且影响越来越大，参加进来的农民逐渐增多。德川幕府紧急调动各地诸侯的兵力十二万镇压起义农民，起义军和幕府诸侯军队血战3个多月后终因寡不敌众而失败，起义军领袖、年青的天主教徒天草四郎也被幕府军队抓获，被判斩首示众，他死前却大声疾呼：我将像天主基督一样复活！ 这个事件过去不久，天草四郎却真的复活了！负责保护幕府政权的是武林世家柳生家族，他们坚守自己的职责和天草四郎展开了或大或小的战斗。其中，武林家族柳生派的第一高手是柳生十兵卫，他的家族武术渊源甚深，对剑术尤其精湛，而天草四郎则不断锻炼妖异魔法，也具备常人无法企及的法力，他们两人都感受到了对方的威胁，正邪激战一触即发…… 故事中天草四郎以妖术打开地狱之门，召唤宫本武藏、荒木又右卫门、宝藏院胤舜等历代豪杰的鬼魂从魔界复活，企图毁灭德川政权，与知名剑豪柳生十兵卫，展开一场鬼哭神号的正邪对决。
