在某个小镇，主角冈崎朋也因为家庭的因素成为不良少年，一直与春原阳平为伍，在光坂高校过着潦倒的生活，但冀望终有一天能够离开所在的小镇。某一天，他在学校坡道前发现了一个止步不前的女孩，在朋也认识了这个名为“古河渚”的女孩后，他的生活开始有了重大的变化。 前半为主角和女主角们之间所发生的事件，后半After story为主角和古河渚，在冈崎中学毕业之后，共同生活的日子，其中还穿插了“幻想世界”，CLANNAD就是由这三个要素所组成的故事。
故事背景在剧场版《苍穹之法芙娜 HEAVEN AND EARTH》的2年后，由于与来主操的邂逅，龙宫岛获得了与Mir对话的手段，这也给岛带来了可能性。阿尔维斯的孩子们一边进行战斗的准备，一边摸索着理解敌人的方法。2年后的现在，龙宫岛获得了更进一步的进化，理解Festum语言的少女与被Festum所守护的少女，当两人相遇之时，新世界的门将打开……
佐村薰炭（田村由香里 配音）是一位平凡的公司职员，每日过着朝九晚五的规律生活，日子平静又安宁。可是，这样一个普通的女人，他的老公十一（铃村健一 配音）却是个彻头彻尾的“宅男”。对漫画、动画和网络极为熟悉和热衷的十一，配上对此一窍不通但温柔的包容着老公的佐村薰炭，会有怎样有趣的故事发生在这对夫妻之间呢？ 看似十分年轻但早已经嫁为人妻的树濑理乃（钉宫理惠 配音）、理乃的老公，职业拳击手树濑旺（坂井俊文 配音）、沉着冷静的小镇医生田中（新谷良子 配音）、田中的老公山田（外崎大辅 配音），在佐村薰炭和十一的周围，围绕着的是性格各异但都同样善良有趣的好友们。
一早就前来诱惑的朱乃、急速接近的小猫、以及越来越积极的爱莎，莉雅丝对3人燃起了对抗心。处在过激争夺战中心的一诚，尽情享受着幸福的色情生活。 在享受平稳日常的另一方面，超自然研究部成员也逐步准备着与巴力家的排名游戏，以及一诚等人的修学旅行。 修学旅行的目的地，是存在着不同神话体系的京都。一诚等人对观光充满期待，但他们刚一到达就被卷入了祸之团一派与栖息于古都的妖怪们之间的纠纷。一诚为了守护莉雅丝所爱的京都，而摸索新的“可能性”……。
作为滑冰者遭遇挫折的青年·明浦路司遇到了对花样滑冰世界充满憧憬的少女·结束祈。 在对冰场怀有执念的祈的推动下，司决定亲自担任教练。 随着祈逐渐展现出自己的才能，司也作为指导者不断成长。 两人组成搭档，目标是荣耀的“金牌得主”——！
在都市的青少年中，流传着这样一个传言：只要在深夜零时登录“地狱通信”，将所怨恨人的名字写下来，且你的怨恨达到了可以委托的程度，地狱少女就会出现并交付你稻草人。一旦解开稻草人身上的红线，地狱少女就会立即把你怨恨的人带入地狱。不过，害人终害己。当你解开红绳，你自己的灵魂也会在死后坠入地狱。
和身为学生会会长，在学校里处处受人瞩目的姐姐夜之森红绪（松井惠理子 配音）不同，无论是外表还是性格，夜之森小红（照井春佳 配音）都只能用“普普通通”来形容，然而，在十六岁生日那天，家中的两位不速之客彻底改变了小红平静的生活。 沉默寡言，存在感薄弱的三峰白夜（羽多野涉 配音）和个性傲娇逞强的妹妹三峰真白（吉田有里 配音）成为了小红家里的住客，而白夜的另一个身份，竟然是小红的未婚夫。不仅如此，白夜还成为了小红班级里的转校生，就连在学校里也如影随形！家里突然多了两个人，什么事情都变得复杂和麻烦起来，面对这突如其来的状况，小红会怎样应对呢？
