故事发生在名为樱才学院的私立高中。原身为女子学校的樱才学院，迫于男女比例的社会压力，将作为综合学校向社会开放。今年，学校迎来了首批男性学员入学，虽然28:524的男女比例使新入校的男生们感到分外紧张，但作为一所综合性学校，樱才高中崭新的未来开始了。 作为二十八分之一，津 田隆利（浅沼晋太郎 配音）以其各方面看来都无比普通的成绩获取了入学资格。在校园中，隆利结识了学生会会长天草筱（日笠阳子 配音），从而开始了自己的学生会生涯。书记七条天空（佐藤聪美 配音）、会计萩村铃（矢作纱友里 配音）、顾问横岛鸣子（小林优 配音）等女性陆续出现在了隆利的身边，而这些外表可爱美艳的女孩们，却都拥有着无论如何都不能用正常来概括的性格，这究竟是怎么回事？
西元2199年，来自太阳系外的敌人加米拉斯帝国，为了挽救母星的危亡，开始侵略其他星球。地球军在与加米拉斯帝国军的交战中惨败，同时加米拉斯帝国军向地球发射大量含有放射能的游星炸弹。地球的抵抗力量越来越弱。本与加米拉斯为双子星球的伊斯坎达尔星球仗义相助，向地球发送了波动引擎和波动炮的设计图纸，并告知地球军本星球拥有清除放射能的设备“宇宙清洗器D”。在与欧洲、美洲失去联系的情况下，地球防卫军利用伊斯坎达尔星球提供的技术将沉睡于海底的大和号改造为宇宙战舰。大和号全体乘员踏上了取回“宇宙清洗器D”的漫漫征程。
突如《見えざる帝国》の襲撃を受けた尸魂界を救うべく、 死神代行・黒崎一護は、躊躇うことなく戦いに身を投じる。 だが、滅却師の始祖・ユーハバッハの命を受けた星十字騎士団の侵攻により、 多くの死神たちが次々と無惨に散っていった。 卍解を奪う手段をも持つ星十字騎士団の面々に、護廷十三隊は隊長格すら苦戦し、 奮闘する一護もまた、ユーハバッハを前にしては力及ばず、刀を折られてしまう。 斬月を治せず失意の一護に、父・一心が語った過去。 己を知り、決意と共に再び立ち上がった一護は今、導かれ修練の時へ踏み出す。 新たな力をその手に、大切な仲間を、全てを護るために――。 一方、一護とは異なる行動をとっていた、滅却師の末裔・石田雨竜。 記録を紐解き真実を求めた雨竜が辿り着いた答えとは――。 ユーハバッハが指名した「後継者」が《見えざる帝国》に波紋を呼び、 戦況は新たな局面へと様相を変えていく。 『世界の終わる９日間』 瀞霊廷は闇に消え、やがて訣別の刻が訪れる――。
