故事延续第二季主线，灵界与斗魂卫在利益纠葛之下冲突不断，本季灵界派出强盛军队欲对斗魂卫赶尽杀绝，两方势力都在以正在举办门宗大会的五法山为中心汇集，在这里发生着惨烈的战斗与冲突。
《禽兽超人之迷雾围城》主人公否否是胡海镇上一个普通的青年，他默默无闻，却有着双重身份，当有人在行为上越过了他的道德底线，便会变身成禽兽超人，专打禽兽不如的人，通过独特的镜头语言和艺术表现手法，诙谐、幽默的讽刺和抨击社会的阴暗面。从客观的角度批判生活中的丑恶现象，弘扬正义。本季主要讲述胡海镇因为雾霾弥漫而导致动物体内出现珍稀的宝石-霾石，而李镇长为了消除雾霾投巨资建设的上气下调工程也因此变得暧昧起来，李镇长、贾巨发和禽兽超人围绕霾石展开各种对抗和纠葛…
明日岛虽然鼓励创新，但新技术存在着很高的风险，同时明日岛也面临着很多自然灾害。面对各种危机，由代表科学（S）的赛拉斯、技术（T）的甜甜、工程（E）的爱迪、艺术（A）的阿力、数学（M）的曼妮莎和运动（！）的小金组成的超学先锋就会挺身而出，赶往救援的第一线。在塞拉斯的指挥下，队员们分工合作，利用各种科学知识解决各种麻烦。在处理危机的过程中，队员们可能会产生观点和行动上的分歧，但最后大家总能坚持团结合作精神，并找到解决问题的最佳方案。而人工智能百变校巴作为超学先锋的重要成员，也会变身各种工程车，助力救援行动。
为了抓住小羊们，灰太狼真是无所不用其极。这次他发明了美食基因枪，轻而易举就突破了羊村的坚固防线，并且取得了压倒性的胜利。谁知接下来的混乱追杀，让整个青青草原变成了糖果草原，更糟糕的是红太狼在意外后似乎撞坏了脑袋。她把懒羊羊当成自己的儿子，而视灰太狼为仇敌，甚至认不出亲生的小灰灰。喜羊羊他们起初以为这是红太狼的诡计，不过最终发现红太狼真的“化敌为友”了。懒羊羊凭空多出了狼妈妈，有趣同时又感人的故事接连上演。小灰灰又能否重新找回那个温柔又有些严厉的妈妈呢？ 与此同时，青青草原即将迎来可怕的灾难……
猪猪侠带着小阿五、机器人阿七和霸王龙六六，继续跟随着神秘日记的指引，穿越危机重重的恐龙世界。这一次他们来到辽阔的海洋世界和寒冷的冰雪极地，面对蛮荒的远古环境，他们齐心协力，解决各种困难，最终完成恐龙星任务。
哪都通公司表面上是一家快递公司，实际上是国内管理异人的秘密组织，担负着维持异人和正常社会平衡的重任。然而陆南区的临时工陈朵杀死了负责人并叛逃。哪都通总部下达命令，六大区临时工联手追捕陈朵……为了保住冯宝宝的临时工身份，张楚岚、冯宝宝以及其他哪都通临时工共同前往碧游村执行任务。
飞伦擎锋两兄弟在宇宙能源战士展森的指引下，踏上了解决能源危机与地球环境问题的冒险之旅。两兄弟在冒险的过程中结识了来自世界各地的小伙伴与十二辆爆裂飞车。随着冒险的进一步深入飞伦等人发现，原来地球上的种种环境问题都源于一位叫作赤魔的宇宙大魔王。他为了统治宇宙正指挥着自己手下的魔暗军团不断地掠夺地球能源，并意图夺走整个地球能源的核心——奥能核心。于是飞伦带领着一众伙伴与十二辆爆裂飞车相互配合，最终击败了赤魔与魔暗军团，守护住了地球乃至宇宙的和平与安全。
