顺利升入高中的少年富樫勇太（福山润 配音）在初中时代曾是暗黑系的中二病患者，当年他自称黑炎之主人，自我感觉良好地度过了无厘头的中学生活。但是此刻他“痛改前非”，将这段经历看作不堪回首的耻辱过去，为此甚至不惜报考一个离家很远没有人认识自己的高中。在新的学校，勇太如愿以偿结 交了一色诚（保志总一朗 配音）、丹生谷森夏（赤崎千夏 配音）以及学姐五月七日茴香（浅仓幸美 配音）这样稍显正常的朋友，也准备和心仪的女孩大谈一场浪漫恋爱。但是令他备为挠头的是，楼上新搬来的住户兼同班同学小鸟游六花（内田真礼 配音）却是一个中二病的深度患者。小女孩每天唧唧歪歪，怪力乱神。好不容易摆脱初中阴影的勇太，高中恋爱之梦日渐飘渺……
唯我成幸（逢坂良太 配音）是一个看上去非常平凡的青年，唯一的优势就是每门学科都取得了很好的成绩。学校里有一个可以免除考试以及学费的特别VIP推荐名额，为了得到这个名额，成幸主动提出要担任帮助同学学习的教育指导员的职位。 被称为“文学之森的睡美人”的千金大小姐古桥文乃（白石晴香 配音）、被称为“机关精巧的拇指姑娘”的理科健将绪方理珠（富田美忧 配音）、被称为“白银的漆黑人鱼公主”的游泳部种子选手武元润香（铃代纱弓 配音），需要成幸辅导的，是这三位校园里的传奇人物。原本以为是非常轻松的工作，没想到这三个姑娘虽然在某一方面非常优秀，但在不擅长的科目上真的是令人大跌眼镜。
本不可能存在的神秘凶恶怪兽·宇宙人们来袭了！ 赛罗、利布特、泰迦、泽塔、爱迪、麦克斯、梦比优斯、葛雷、帕瓦特、格丽乔......还有更多的奥特英雄将共同加入战斗，向震撼全宇宙的令人费解的事件发起挑战。 然而这一切，只不过是从现在开始的大乱斗的序章而已！ 开始浮现的阴谋，交错的故事。暗中活动的黄金巨人的目的究竟是什么？！ 与《泽塔奥特曼》的故事相联结，新的奥特历史开始了！
私立樱才学园本是一所女子高校，然而，在社会大趋势的冲击之下，校方决定打开大门，迎接男生们的到来。第一年，学校录取的男生仅有区区二十八人，他们所要面对的，是泱泱五百二十四位“如狼似虎”的女生们。津田隆利（浅沼晋太郎 配音）就是这二十八人中的一员，机缘巧合之下，他误打误撞加入了学生会之中。 外表端庄秀丽，却有着极大脑洞和极强妄想能力的学生会会长天草筱（日笠阳子 配音）、个性成熟可靠但有时候会语出惊人的七条天空（佐藤聪美 配音）、智商超哥但个性如同小学生一样傲娇的荻村铃（矢作纱友里 配音），在三位古灵精怪的女孩子的陪伴下，津田的校园生活正式拉开序幕。
我，明明并不想杀人的—— 你，并不是那样的啊。 看到的瞬间注意到了。不，应该说是看到了。确信是敌人、或者不是而这样充满犹豫否定。 并不知道，存在于那里的是所谓自己的境界，却就这样跨越了。在不断被反复的凌辱中，少女只是投出她那无机质的视线而已。 让我们假设人的脑内有无数的频道，认定有一个为了适应现实生活而作为最大公约数的频道，那么恐怕大多数的人类都通过这样一个频道去注视这个世界、认知这个世界，所以才能达到共存。 但是，却有无论如何都无法与大家保持共存的异常频道，如果那样的频道存在的话——那已经是非人了，不，或许应该称之为“存在不适合者”。 并不是说所谓的不适合社会，而意为其存在本身就不适合。 或许这样应该称为“超能力者”才更为适合吧。 然后这是某一晚发生的事情。在饮酒会归来的下雨之夜，无论怎么看起来都很普通，却有能找到罕见东西才能的黑桐干也，在黑暗中拣到了一位孤身一人的少女。 关于“这个能力”，在自己并未注意到所想要寻找的对象时，在寻找之前便会出现……而关于这个事实他本人并不知道。 行踪不明的后辈。 无法相遇的妹妹与他的友人。 别说手足了，连头部都无法保持完整的，因切割而惨死的尸体在今天又增加了一个。 当各自只顾自己的方便而行事的话，最终只会到达一个结局——死斗。 夏天下雨之夜，瞳孔中映出能将全部都歪曲破坏的少女，与瞳孔中能看见全部之死线的少女，双方充满杀意的对峙。
为了对抗突然出现的人类之敌「涅洛伊」，世界各国组成了联合军。但能够与他们对抗的，仅有具备特殊魔力的少女们而已……。由联合军主导的柏林夺还作战终于启动，再次成军的第501统合战斗航空团「强袭魔女」，在新的501成员「服部静夏」加入后，与涅洛伊的殊死战斗逐渐扩大化！究竟柏林的天空能否得到解放！？
鬼太郎本身就是幽灵的后裔，他的父母在他出生时就死了，但鬼太郎爸爸的眼珠却活下来，他带着鬼太郎，然后展开一连串的冒险，并且维持妖怪界的和平。鬼太郎的木屐可以踏上彩虹他的头发有妖气针能够感应到妖怪，另外他的背心也有保护作用。
东京、神奈川、静冈、长野等地发生了六宗的杀人事件，由于现场留下了背面刻有字母的麻将牌，因而被认为是由同一案犯制造的广域连续杀人事件。警视厅联合各县警署召开联合搜查会议，毛利小五郎作为特别顾问而加入。 事件中的有着诸如麻将牌的含义、第六名被害者死前遗言“七夕……今……”的含义、被害者的共同点、每名被害者都有一样物品被拿走等等谜团。 会议结束后，柯南得知山村警官听到了某名警察用手机发送邮件时出现了类似《七之子》的按键声（即黑色组织头目的邮件地址），于是连忙追出，发现那名警察乘坐琴酒的车离去。 七夕前一天的7月6日，出现在米花市的一名嫌疑犯在柯南的暗中帮助下被逮捕，贝尔摩特也乔装出现在现场。柯南发现后追问她组织参与本次事件的理由，得知连续杀人事件中的一名被害人是组织的成员，其携带的记录有组织人员名单的记忆卡被犯人拿走了，组织为了要在警察之前从犯人手中拿回记忆卡，派遣了一名代号“爱尔兰”的成员潜入警察内部。而另一方，作为搜查员潜入警方的爱尔兰从警察们的对话中开始怀疑柯南就是工藤新一，于是从柯南和新一的学校中取出两人的指纹，通过利用警察局的电脑进行比对而确信。第二天，柯南得知印有自己指纹的物品从帝丹高中和帝丹小学被盗的，顿时有了强烈的危机感。 不久，出现了第七名受害者。在服部平次的帮助下，柯南终于找到了被害人的共同点，进而判断出还将会有人遇害的地点。 柯南、警察、连续杀人犯以及黑衣人组织，四方都来到了最终目的地——东京塔……
