在距离魔仙堡不远的地方，有着另一个魔法王国，名叫“魔法彩灵堡”，这里是一个充满色彩、充满欢乐和充满幽默感的世界。彩灵堡魔法世界仿佛就是一个无忧无虑、和平欢乐的魔法国度。直至一天，在彩灵 堡魔法王国边缘，一个黑灰色的小岛上，小岛的主人——黑咒魔王刚从长眠中醒过来。黑咒魔王为了要让黑咒岛变得更强大，他的方法就是要将彩灵堡的“色彩魔法能量”占为己有，性格怪癖的黑咒魔王派遣他的手下——黑豆兵，秘密潜入彩灵堡，偷取色彩能量。彩灵堡公主眼见自己的国民被欺负，自己又因为被神秘的咒诅变成了一只精灵而无计可施。但她怎么也想不到，竟然会有三个来自人类世界的奇怪美少女，成为她的亲密伙伴，跟她一起对付黑咒魔王。而这魔法小国和平欢乐的气氛也因为这三个从人类世界闯进来的少女而发生了很大的变化
前世因为帝尊陷害而身死，重生到了高中时代，恰逢灵气复苏，天地巨变。再生少年时，重走修行路，这一世，他当守护自己的朋友、亲人，他当不留遗憾，他当一路横推，他当诸天无敌，万古为尊！
兔子经过艰苦奋斗，终于排除万难建立了新的种花家。然而兔子饱受鹰酱、大熊的孤立，不得已和单纯的河马们交了朋友。在兔子的经济、军事援助下，以坦黑叔为代表的河马实现了军事上的长足发展，兔子也终于在第三世界立稳脚跟。与此同时，兔子和毛熊的关系不断恶化，双方在珍宝岛爆发了武装冲突。没有永远的朋友，只有永远的利益。曾经视为寇雠的兔子与鹰酱相互试探，最终建交。为了遏制毛熊的势力，鹰酱协助种花家重返联合国，并给予了极大了武器输出支持。 种花家在兔子的带领下，一步步走向富强……
万年之前，刀祖斩杀剑皇，从此天下剑修被贬低、欺凌，直到一个少年出世……楚牧，本是...
仙乐国太子谢怜接连被贬后第三次飞升成仙，却不慎破坏了神官们的金殿，无人供奉的他只能下凡除鬼来换取功德作为补偿。在凡间的历练中，谢怜结识了两位来帮助他的小神官，并认识了诡王花城，四人一同解决了一件件诡谲的事件，并逐渐接触到了看似光鲜亮丽的仙界众神官的黯然往事。
故事延续第二季主线，灵界与斗魂卫在利益纠葛之下冲突不断，本季灵界派出强盛军队欲对斗魂卫赶尽杀绝，两方势力都在以正在举办门宗大会的五法山为中心汇集，在这里发生着惨烈的战斗与冲突。
青城山灭派，玄门遭遇旷世劫难。朱离地煞觉醒，携青城掌教冷霜凝险夺玄珠，再顾青玉坛，蒙星象子指点，欲共赴昆仑抵御魔道大军。天一子未赴中秋之约，太白子知道天一子已遇不测，开始查探凶手，本以为是魔道的阴谋，没想到在昆仑派发现了一些端倪。魔道势力风谲云诡，其间隐情扑朔迷离，深不可测的魔道高人邓辰因为太初九元的转世，重出天阴谷，纠集紫衣人等魔道长老集齐三才秘要，欲救出魔道祖师天魔元煞，登顶昆仑之时，幕后黑手阴谋乍现，玄魔两派均遭扫荡。玄魔两派，孰正孰邪，灵飞纪第三季为您揭开面纱。
