《阿优之兔智来了2》的故事延续《阿优之神奇萝卜》系列，故事讲述的是阿U和他的小伙伴们看守的那颗巨大的超级萝卜有天突然变小了，博士怀疑是巨石阵的土壤含有某种只对大萝卜有作用的特殊物质，而现在这些物质已经受到了破坏，大萝卜得不到营养开始萎缩。博士推测萝卜岛周围的岛屿上一定还有同样的土壤，可以让大萝卜恢复原状。孩子们主动要求承担这个寻找土壤的任务，为了帮助大家，博士送来一只名叫兔智的机器人，它不仅智慧超群，还拥有各种能力，在保护萝卜的过程中发挥了重要作用。但是兔菲依旧不放弃自己的梦想，他带领手下跳跳和甩耳开着飞行器一路跟随阿U他们，发誓要得到超级萝卜。
陈星乃东阳城陈家少主，父母双亡，本可在成年时继任家主之位，却被野心勃勃的代家主陈盛，设计暗害打算鸠占鹊巢。谁承想陈星大难不死，意外获得失传已久的至高功法《太古星神诀》，并学会了部分招式，强势归来，揭穿陈盛丑恶嘴脸，将其关押入牢。此事暂了，陈星未雨绸缪，仔细研究《太古星神诀》，搜罗功法所需星兽，快速成长。期间，陈星因一只星兽，救下玄阳宫宫主之女穆青岚，并在其建议下，历尽千辛拜入玄阳宫。然而刚入门，陈星就和副宗主之子剑飞空，争端不断。
飞伦擎锋两兄弟在宇宙能源战士展森的指引下，踏上了解决能源危机与地球环境问题的冒险之旅。两兄弟在冒险的过程中结识了来自世界各地的小伙伴与十二辆爆裂飞车。随着冒险的进一步深入飞伦等人发现，原来地球上的种种环境问题都源于一位叫作赤魔的宇宙大魔王。他为了统治宇宙正指挥着自己手下的魔暗军团不断地掠夺地球能源，并意图夺走整个地球能源的核心——奥能核心。于是飞伦带领着一众伙伴与十二辆爆裂飞车相互配合，最终击败了赤魔与魔暗军团，守护住了地球乃至宇宙的和平与安全。
