ネクロマンサーのユーによってゾンビに、天才少女ハルナによって魔装少女にされた主人公・相川歩であったが、最近は平穏な日々を送っていた。だが、運命は彼に安息の日々を許さなかった。 吸血忍者のセラ、学園妻のトモノリ、ネットアイドルのサラス、優等生の平松妙子といった美少女ヒロインたちに加え、学園に出没する謎の"妖精さん"が、彼を新たな困惑の日々に巻き込もうとしていた。
高中三年级的冬天、剩下没多久的高中生活，大家都认为会在毫无变化的情况下迎来毕业之日……但在某一天，他突然回来了，在中学时搬到遥远城镇的同学，变成不合时节的转学生再次相会，伴随着某种不确定的感情、转变开始的信号微弱的发出了声响……
人类遭逢了名为“空间震”的新型灾害。震撼空间、将一切破坏殆尽的这一灾厄，是由于精灵自临界显现而发生的。为了阻止空间震，使人类免遭灾厄而必须采取的措施，是使用武力歼灭精灵，或者是——“与其约会，使其娇羞”！ 让精灵娇羞，再通过“亲吻”即可封印其力量——拥有这种能力的高中生·五河士道。为了人类的和平，也为了拯救精灵们——士道在和她们的“约会”中来回奔走。对士道敞开心扉的精灵·十香、四糸乃、琴里、耶俱矢、夕弦、美九，为歼灭精灵而行动的AST，企图利用精灵的DEM，尝试与精灵对话的拉塔托斯克，以及，需要令其娇羞的新精灵——将这一切全部卷入，新的战争约会开始了——
以《最终负荷实验》为名，将Underworld全土卷入的《人界》军与暗之军势的战争。 战局逐渐转变为企图夺取《光之巫女》爱丽丝的《黑暗领域》军加百列一派， 与致力于守护Underworld的《人界》军亚丝娜等人之间的战争。 在桐人仍然沉睡于精神世界的深处之时，《暗黑神贝库达》即加百列 从现实世界中让数万美国玩家登录，企图一举歼灭《人界》军。 相对地，亚丝娜等人利用以Underworld创世神冠名的3个超级账号展开对抗。 获得了《创世神史提西亚》超级账号的亚丝娜， 和《人界》军一同与美国玩家展开死战， 而获得了《太阳神索鲁斯》超级账号的诗乃，则追赶着带走了爱丽丝的加百列。 随后，获得了《地神提拉利亚》超级账号的莉法，也抵达了Underworld。 不仅如此。呼应了莉兹贝特充满气势的演说的《ALO》玩家们， 将千锤百炼的角色进行转移，加入《人界》军一方参战！ 这场大战不只关系到Underworld的存续。 还是赌上了作为究极AI的自律学习型人工智能，甚至人类未来的战斗。 而大战的终点，如今正握在沉睡中的一名少年——《黑色剑士》的手中。 《Alicization》篇，在此完结！
2010年11月“β世界线”——主人公·冈部伦太郎跨越无数的苦难与悲哀，终究还是放弃拯救“她”的世界线。跌落失意谷底的冈部伦太郎。担心着他的同伴们。没能得到拯救的“她”将会变得如何？迎来新的角色，描绘而成的“零”之物语。
《明日方舟》衍生迷你剧《鲤氏侦探事务所》将于2022年12月23日19:00正式上线
