在新的第一季中，故事将围绕着超级宠物展开。每个超级飞侠都有他专属的超级宠物！每时每刻，他们都在一起执行任务，共对困难。除此之外，本季还有两位新的超级飞侠加入，他们就是超级汽车雷克，还有乐观爱唱跳的佩佩。还有一个前所未有的淘气鬼——金小子！ 他将给超级飞侠带来极大挑战，因为他老是想证明自己是比超级飞侠更棒的飞机。他们的加入，将为故事带来更多新奇、有趣的元素，让我们一起来看吧！
在一次凤凰城赛车大奖赛期间，消失二十年的东方巨兽武罗再度现身，给城市带来了巨大的灾难和恐慌。武罗在袭击中受伤，躲进山洞休养。年轻赛车天才张小蚤，因过于自信，带领四人小队冒险偷袭受伤的武罗，反而引发了更严重的危机。面对打击，张小蚤在武器专家赖道张的帮助与激励下，不仅提升了战斗力，也找回了失去的自信。在武罗即将摧毁凤凰城的生死时刻，张小蚤挺身而出，力挽狂澜，成功拯救了全城，最终成为新一代的城市英雄。
本剧讲述超级飞侠与超级宠物们继续乘着迷你基地前往世界各地旅行，在旅行过程中邂逅世界各地的小朋友，并帮助小朋友们解决种种困难和问题的故事。如在山东潍坊，他们帮助小宝成功放飞了巨型章鱼风筝；在菲律宾，他们通过特制音响和扩音设备，帮助一个叫利娅的女孩达成了和鱼儿交朋友、一起唱歌的愿望。尽管遇到不少困难，但超级飞侠和超级宠物们每次都会用炫酷的装备和丰富想象力的办法，圆满地解决问题。
在古老的天边，有一座美丽的欢乐之城，那里的人们在欢乐宝典的庇护下，一直过着宁静而快乐的生活。 但是，光明的背面总有阴影。一只被人遗弃的黑猫在风雨交加的夜晚，为了避寒，无意中躲进了塔楼。因为他无意偷看了欢乐宝典而变成了女人，兴奋的黑猫举起了欢乐宝典，谁知道宝典刚刚打开，可怕的事情就发生了：被宝典镇压着的恶龙腾空而起，天空中电闪雷鸣，原本美丽宁静的欢乐之城在一瞬间成为废墟并且裂成数块，所有的居民都变成了各种物品，而宝典也消失了。 这个巨变引发了时空扭曲，把三个野外探险的欢乐宝宝吸入石壁扔进了欢乐之城。仰望着悬浮在空中的废墟，欢想着回家，乐充满好奇和幻想，而豆只想着填饱肚子就万事大吉。三个孩子在废墟中漂浮着，直到他们遇到了已经变成麦克风的欢乐之城城主。孩子们的到来让本来已经绝望的城主看到了一丝希望，他拿出一个宝盒，告诉大家宝盒里藏着一个巨大的秘密，解开这个秘密，欢乐之城就能得救，而孩子们也能找到回家的路。 喜欢冒险的乐乐主动承担了这个责任，而欢欢和豆豆也不得不一共前去寻找宝典，宝宝们踏上了寻找欢乐宝典的道路。 他们从沿途遇到的小城居民身上学到了许多宝贵的经验。并与同样想得到宝典的黑猫斗智斗勇。刻板严谨的钟表师傅，使他们懂得了自制力的重要；因为心怀内疚而逃避现实、整天在云端游乐的邮差，让孩子们体会到了放弃责任后的痛苦和挣扎，从而决定要把身上的重担背负到底；外表怪癖内心温暖的科学怪人教会了欢欢各种有用的发明技巧，让欢欢由衷地佩服之余，也从中看到了自己的傲慢和固执；晴天婆婆和阴天婆婆的出现让对魔法着迷的乐乐欢呼雀跃，她帮助两个婆婆解开了缠绕在心头多年的心结，让她们重归于好。而两个婆婆也非常感激乐乐，她们送给乐乐一根魔杖和帽子，以及一本神奇的魔法书，实现了乐乐想成为魔法师的愿望。乐乐深深地体会到了帮助他人就是帮助自己的道理，因此更坚定了寻找宝典的决心。而贪吃懒惰的豆豆总是拖后腿，直到他遇到变成了烤炉的厨师，发掘了自己的烹饪天份，成为一个真正的美食家。 孩子们终于解开了一个个谜团， 欢乐宝宝在一个神秘人的帮助下终于找到了恶龙所在的小岛。找到了龙穴。欢乐宝宝们迎接新的战斗。
