故事讲述了一个五口之家，在小女儿尚明蓝离去的第四年，母亲重新领养了和尚明蓝长得十分相似的蓝眼睛小女生。却没想到，家里的两兄弟对这个新来的“妹妹”却充满了敌意，玩偶的捉弄，虚伪的笑容，在同一屋檐下，暗涌在不断地流淌。
转学生云风刚来到新校园，就被一辆从天而降的玩具车砸中。 因为这次“意外”，云风认识了邻居炎辉，也认识了智慧战车。智慧战车是痴迷轨道车的郎教授发明的，百度影音城中富商金老板一直想窃为己有获取利益。在马叔叔的帮助下，云风展示了超强的学习能力，与新朋友天翔和炎辉一起赢得了比赛胜利，没有让金老板的计谋得逞。
打败火巨人整整一年后，泰戈、卓锋、飞霓、托迪收到了来自战神学院的录取通知书。在进入战神学院之后，他们见证了超变战神的卓越能量。通过学院的培训，他们的个人实力和团队配合不断强化。隐藏在黑暗世界的恶龙军团在诅咒邪神的领导下妄想霸占整个世界。以泰戈为主导的超变勇者们在与恶龙军团大大小小的交战中收获了友情与希望，逐渐成长为超变战神，与武兽之间更加亲密默契。但和平是短暂的，生命力极强的恶龙将们到战神学院发动攻击，在出其不意地攻击下，校长和老师都接连倒下。祸不单行，封印中惊醒的诅咒邪神也向学院逼近。为了守护和平与正义，超变战神们和诅咒邪神展开了最终的生死决战。超变战神们可以守护世界和平吗？
在本季《超级飞侠12》中，超级飞侠依然会接收来自世界各地小朋友的电话，为小朋友定制他们需要的特别的东西，并将东西送到他们手上。当小朋友们遇到困难，乐迪会请求总部的帮助，超级飞侠将带来拥有各种属性的愿望能量球，和小朋友们一起摇身一变成为酷炫的愿望守护者，陪同小朋友一起解决问题。而上一季新登场的三位超级飞侠新成员：恐龙飞机超级飞侠大壮、速食卡车超级飞侠糯糯、高速火车超级飞侠咚咚，也会在这一季中展示他们的过人之处。而当困难升级，超级基地也会变成超级机器人，跟超级飞侠一起陪小朋友们度过难关。
“天下第一智”罗霄与“富贵世子爷”严安承携手闯荡江湖，寻找传说中“紫溟天阶”的线索，过程中，破获诸多离奇案件，逐渐摸索出一个鲜为人知的阴谋....
