《阿优之兔智来了2》的故事延续《阿优之神奇萝卜》系列，故事讲述的是阿U和他的小伙伴们看守的那颗巨大的超级萝卜有天突然变小了，博士怀疑是巨石阵的土壤含有某种只对大萝卜有作用的特殊物质，而现在这些物质已经受到了破坏，大萝卜得不到营养开始萎缩。博士推测萝卜岛周围的岛屿上一定还有同样的土壤，可以让大萝卜恢复原状。孩子们主动要求承担这个寻找土壤的任务，为了帮助大家，博士送来一只名叫兔智的机器人，它不仅智慧超群，还拥有各种能力，在保护萝卜的过程中发挥了重要作用。但是兔菲依旧不放弃自己的梦想，他带领手下跳跳和甩耳开着飞行器一路跟随阿U他们，发誓要得到超级萝卜。
她为了能够安葬母亲答应了嫁给他。他从小失去父母，没有得到过父母的爱，因此不懂得如何爱人，但她的出现仿佛阳光照亮了他黑暗的世界，从此之后她成为了他爱的救赎。
各怀绝技的“憨八龟、白精灵、铁甲小子、宝宝熊、百丈跳”组成了“垃圾拯救队”，援救被骗至地球的费沙星球王子——星际流；为了破坏和平，地球首相井上雄命令鹰明教授不断研发“变兽特战队”一路追踪垃圾拯救队，企图抓捕星际流。垃圾拯救队为了保护星际流与“变兽特战队”展开了一次次激烈的战斗，而星际流却并不完全信任憨八龟他们。在“变兽特战队”的追捕下，憨八龟和伙伴们穿越了中国和世界各地的历史文化古迹。体现了坚不可摧的团队精神和难能可贵的正义感。
这是一个设定在乡村场景下，却属于我们所有人的童年故事。剧情贴近真实的社会背景，既有现实生活中普通人的希望和追求，也有他们的焦虑和苦恼。在快速发展的工业化、城市化进程中，中国的城市和农村发生了翻天覆地的变化，也随之出现了很多新的社会问题。故事中许多社会现实背景，包括城市教育问题带来的普遍焦虑、自然缺失、乡村教育现状、留守儿童、移动互联网发展、新农村建设等等，都构成了作品中小主人公们的活动场景。剧情内容围绕中国孩子的童年故事，引发孩子和大人的情感共鸣。人们的日子过得越来越红火，可是乡村不再平静，不管大人还是孩子，每个人都需要重新适应环境，不断成长。
