《秦时明月之君临天下》是国产大型3D动画《秦时明月》的第五部， 蒙恬出击匈奴，秦皇东巡、焚书坑儒、蜃楼东渡 、修筑长城、建兵马俑。
基因石被毁，不料基因石能量逸出，飘散到地球各处，引发了异常现象，故事从变形机甲、机甲兽和变异战士三方之间的斗争展开。
黑魔王用魔力将在天神星掉落的牙齿，变成龙牙兵到处作乱。能力进化的卷毛去攻击龙牙兵，结果越打越多，正当不知所措的时候，薇薇散发出强烈的净化之光将龙牙兵一举消灭。但是因为黑魔王的牙齿被狗将军误吞，所以龙牙兵还是源源不断的出现。薇薇撞见丑恶的龙牙兵，因恐惧而聚集能量变成水晶球要返回地球，怪卡和爷爷则驾驶水瓶号，藉水晶球能量一起前往地球，水晶球进入异次元通道。 星猫被黑魔王捉住，正在危急关头，水晶球从星猫肚子里的异次元通道飞出…… 为了继续对抗黑魔王，星猫搭乘魔法火车前往地球。黑魔王有了上次败仗的经验，决定改造小黑怪，创造了地魔、水魔、火魔、风魔四个最强黑怪。黑魔王本尊的能量也在逐渐的恢复。星猫连同卷毛、薇薇、怪卡和爷爷和邪恶的黑魔王继续战斗。
水神共工为了争夺人间的主导权，与水神祝融发动了一场大战。共工撞倒了托举苍天的不周山，导致天河倾泻，洪水泛滥。共工企图用洪水控制人类。 鲧受命治水，为堵住洪水，鲧偷盗天物息壤，被天雷劈死。死后尸体化成一座大山，大山孕育了禹。禹出生后，结识了庚辰、伯益，和修行五百年的耳鼠，并救下受伤的应龙。舜将禹等带回都城，培养成才。正值洪灾加剧，舜不得已派禹等人治水。共工得知此事，率领一群妖神一路阻难。 禹经过涂山，邂逅女娇，坠入了爱河，却发现女娇中了共工手下无支祈的魔咒，即将变成石头。大禹毅然与女娇结婚。在变成石头前，女娇魔咒解除，还将开山斧交给禹。无支祈大怒，掳走禹的部下竖亥。禹救出竖亥，并将无支祈镇压在淮河。然后告别女娇，前往黄河治水。共工早已在黄河和去黄河的路上设下圈套。历经艰险与失败后，禹终于找到了治水方法——堵不如疏，破了共工的局，解决了黄河水患。正当禹要与女娇团聚时，又传来旱魃作乱、赤地千里的消息。禹打败旱魃，结果水火失衡，导致共工力量突增。共工召唤出九头蛇怪相柳进攻都城，又放出无支祈水淹涂山。是拯救天下百姓，还是去救女娇，两难之中的禹最后选择了前者，消灭了相柳。而女娇在无尽的等待中心死，变成石头。此时相柳尸体又化成毒液，即将流毒天下，禹不得不重走父亲老路，偷盗息壤，堵住了毒水。天将问罪，鲧为禹挡住天雷，粉身碎骨。禹终于回到女娇身边，悲痛万分。众人齐心协力，与共工决战，终于将其打败，天下再无水患。而禹则决定永远陪伴女娇石像，舜屡次征召要让出帝位，禹不为所动。终于某一天，女娇复生，还生下启。禹这时才接受舜的禅让，并请求天帝释放共工，令其戴罪立功，守护百姓。一个太平时代开启了。
在马兰山下，有一对孪生姐妹，大兰和小兰。大兰懒惰而整天与老猫玩耍，而小兰则因勤劳嫁给了山上的青年马郎，共同过着幸福的生活。然而，山上有只老狼一直渴望得到传说中的马兰花，为了过上不劳而获的生活。当小兰和马郎回家看望父母时，她们带来了丰富的礼物。大兰嫉妒之心油然而生，误会小兰头上戴的小花是传说中的神奇马兰花。大兰决定争取这朵花，以实现自己的愿望。 在老狼和老猫的怂恿下，大兰展开了一场争夺马兰花的行动。不幸的是，在这个过程中，由于大兰的贪婪和不顾后果，小兰不慎掉入河中。大兰意识到自己的错误，感到愧疚和内疚。当马郎出现时，大兰无奈地冒充小兰，一同登上马兰山。在这次冒险中，她经历了风吹雨打，历经千难万险，最终获得了传说中的马兰花。有了这朵神奇的花，她希望能够实现愿望，让妹妹“活过来”。
