少年师爷讲述的是初到江南游玩的小太子在机缘巧合下来到了水乡绍兴，结识了小师爷、小越、丁丁、钱贯等小伙伴，展开了一段段稀奇古怪、啼笑皆非的小故事。故事中作为智慧和正义的代表——小师爷，通过自己的力量处处替人排忧解难，博得邻里乡亲的交口称赞。而成为一名顶天立地、为国为民的大师爷更是他从小的梦想。
这个星球被DS（达摩克里斯）科技军队占领，强AI（人工智能系统）是这个军队的首领。反抗AI和DS的鹰隼部队，对疯狗镇（DS试验场）进行肃清。原为疯狗镇电工却拥有既视感（短暂预测未来）的马三、神秘女子洛凝和改造人翎以及黑客小海一同反抗并逃亡。疯狗镇的主人（“神父”莫比）乘火箭逃离殖民星球，疯狗镇的众人即将被火箭烈焰活活烧死，马三为救众人连接了AI天眼卫星，成功阻止神父并和众人逃出了疯狗镇，这一举动暗示马三可能来自DS，马三也开始对既视感的来源产生怀疑？ 众人来到被一群末世难民占领的废弃驿站，这里的首领封子昂认出马三，称呼他为长官，随即自愿帮助马三找回记忆，但殊不知，这只是一场阴谋的前奏……
