在本季《超级飞侠12》中，超级飞侠依然会接收来自世界各地小朋友的电话，为小朋友定制他们需要的特别的东西，并将东西送到他们手上。当小朋友们遇到困难，乐迪会请求总部的帮助，超级飞侠将带来拥有各种属性的愿望能量球，和小朋友们一起摇身一变成为酷炫的愿望守护者，陪同小朋友一起解决问题。而上一季新登场的三位超级飞侠新成员：恐龙飞机超级飞侠大壮、速食卡车超级飞侠糯糯、高速火车超级飞侠咚咚，也会在这一季中展示他们的过人之处。而当困难升级，超级基地也会变成超级机器人，跟超级飞侠一起陪小朋友们度过难关。
蓝（雨婷儿 饰）的生日快到了，魔仙女王决定送给她一个非常珍贵的音乐盒。魔仙女王告诉小蓝，这个音乐盒里有一枚拥有强大魔力的宝石，这颗宝石能够在关键时刻帮助小蓝、美琪（赵今麦 饰）和美雪（刘黛希 饰）化险为夷。 哪知道，魔力宝石的秘密给邪恶的哈莱王后给知道了，哈莱王后非常 想要得到宝石，于是派出了自己的儿子奥玛。奥玛隐藏了真实身份，假装成一个平凡的普通人类接近小蓝一行人，在对方放松警惕后最终成功的夺走了宝石。哈莱王后利用宝石的力量开始向魔仙堡发起进攻，在魔仙堡腹背受敌的情况下，小蓝、美琪和美雪及时赶到，以正义的力量战胜了邪恶，维护了魔仙堡的和平。
暂别苍风帝国，云澈来到神皇帝国开始新的冒险，意外与凤凰神宗弟子结下梁子，同时也结识了凤凰神女，雪公主，凤雪儿，又遭鬼影圣手花铭海跟踪，不打不相识。天玄七国排位战开始，云澈动身参战，这将是云澈展现实力的新舞台，还是陷入恶斗的苦战场？云澈身藏的凤凰血脉，又将在神凰帝国引发何等风波？风云诡谲，尽在云澈一念之间。
汉朝末年，董卓挟天子以令诸侯，战神吕布为其征讨，四方群雄并起。而大势决断，竟尽出一家之手，水镜门下八奇，谋冠天下。就在此时，一个神秘的刺客跟随他的商家主人悄然走进这个时代，牵出群英纷争，乱世无常……
正值情窦初开之时的公主，以为自己的心上人是付望舒，却可惜无缘亦无份。而另一边，九皇叔和她虽以叔侄相称却并无血缘关系。皇叔对于她来说，亦师亦友，且两人年龄相差无几，可谓青梅竹马，两小无猜。可孟玉珥一开始却没意识到九皇叔的一往情深，爱他念他也不自知，毕竟辈分不对。
无极之渊大战后，破阵、浮丘等人被石化封印。山鬼谣独担重任，力挽狂澜。同时穹奇希望重铸神坠来解开封印，而破阵则希望重铸神坠以加强封印，辛垣、夜阳怀着不可告人的意图夺取记忆珠欲控制破阵等人。
