在本季《超级飞侠12》中，超级飞侠依然会接收来自世界各地小朋友的电话，为小朋友定制他们需要的特别的东西，并将东西送到他们手上。当小朋友们遇到困难，乐迪会请求总部的帮助，超级飞侠将带来拥有各种属性的愿望能量球，和小朋友们一起摇身一变成为酷炫的愿望守护者，陪同小朋友一起解决问题。而上一季新登场的三位超级飞侠新成员：恐龙飞机超级飞侠大壮、速食卡车超级飞侠糯糯、高速火车超级飞侠咚咚，也会在这一季中展示他们的过人之处。而当困难升级，超级基地也会变成超级机器人，跟超级飞侠一起陪小朋友们度过难关。
汉明帝授史家后裔班超青铜燕符，让他出使西域，寻找长生之法和梦中金佛。班超探寻隐匿于京城的高手，墨家传人、盗门后人，夜郎蛊师等三十六人同行。除却完成皇帝心愿，还为了寻求史家渊源以及陷害自己父亲的凶手。
在新的第一季中，故事将围绕着超级宠物展开。每个超级飞侠都有他专属的超级宠物！每时每刻，他们都在一起执行任务，共对困难。 除此之外，本季还有两位新的超级飞侠加入，他们就是超级汽车雷克，还有乐观爱唱跳的佩佩。还有一个前所未有的淘气鬼——金小子！ 他将给超级飞侠带来极大挑战，因为他老是想证明自己是比超级飞侠更棒的飞机。他们的加入，将为故事带来更多新奇、有趣的元素，让我们一起来看吧！
棉花糖和云朵妈妈的故事。
暗河，江湖最神秘的杀手组织，由苏、谢、慕三姓家族组成，三家最高统率称大家长。大家长身中奇毒，生命危在旦夕。暗河三家势力得知消息后，趁机发起叛乱。苏暮雨作为大家长护卫团蛛影的首领傀，一边找来药王谷神医白鹤淮为大家长医治，一边击退各家杀手护大家长周全。此时，他在暗河的好友苏昌河，却代表苏家加入了刺杀大家长的行动。
特别篇动画《秦时明月之罗生堂下》是独立于动画《秦时明月》正传剧情之外的短篇番外故事。该动画讲述少司命年纪轻轻就从阴阳家弟子成为了阴阳家五大长老之一的经历。
