故事发生在遥远的未来，一种神秘的病毒侵袭了地球，十三岁以上的人类全部灭绝，可是，对于那些幸存下来的孩子们来说，活着却并不意味着幸运，横空出世的吸血鬼一族成为了地球上的统治者，而这些孩子们则作为它们的口粮被“饲养”起来。 优一郎（入野自由 配音）和米伽尔（小野贤章 配音）不愿意向命运低头，为了反抗，优一郎加入了日本帝鬼军，成为了月鬼组的一员。在那里，优一郎结识了特立独行的柊筱娅（早见沙织 配音）、善良软弱的早乙女与一（冈本信彦 配音）、温文尔雅的君月士方（石川界人 配音）和大大咧咧的三宫三叶（井口裕香 配音），五人成为了生死与共的战友。
故事背景在剧场版《苍穹之法芙娜 HEAVEN AND EARTH》的2年后，由于与来主操的邂逅，龙宫岛获得了与Mir对话的手段，这也给岛带来了可能性。阿尔维斯的孩子们一边进行战斗的准备，一边摸索着理解敌人的方法。2年后的现在，龙宫岛获得了更进一步的进化，理解Festum语言的少女与被Festum所守护的少女，当两人相遇之时，新世界的门将打开……
在二十世纪袭击地球的大灾害“落星雨”之下，世界多数的都市遭到毁灭。但从陨石中发现的未知元素——万应素，让人类的科学技术加速发展，终于诞生出被称作“星脉世代”的、拥有特异之力的新人类。 故事发生在世界最大的综合战斗娱乐项目“星武祭”的舞台，由六所学院包围、通称为六芒星的水上学园都市“六花”。转学到星导馆学园高等部的特待生·天雾绫斗，为了实现自己的愿望，而发誓在这个都市中战斗。
由不祥的彗星“Repulse”所引导，被封印于“黄金的苹果”之内的纠纷女神艾莉丝重新降临大地。艾莉丝依附于在星矢长大的孤儿院“星之子学园”里工作的少女“相泽绘梨衣”的肉体上，并掳走了身为雅典娜的城户纱织，企图通过吸取雅典娜的精气而完全复活。在前往营救雅典娜的星矢等青铜圣斗士的面前等待着的是，借艾莉丝的魔力从死亡世界苏醒过来的“亡灵圣斗士（Ghost Saint）”们。赌上大地命运和雅典娜的性命，青铜圣斗士VS亡灵圣斗士的激战，如今开幕。
很久很久以前，位于天空的白之王国和位于地上的黑之王国，一边保持着〈均衡〉一边进行着〈循环〉。但在某一时刻，强大的暗之王出现了。暗之王在侵略白之王国的同时，为了讨伐眼中钉巴尔而提议结下盟约。光之王艾莉丝，相信了使者阿德尔所说的盼望〈均衡〉的言语而结盟。即使在遭到阿德尔袭击之后，艾莉丝仍然相信斩杀了阿德尔的暗之王子，并立下一同为世界带来和平的〈约定〉。但两人的〈约定〉却遭到暗之王的践踏。不只是白，就连黑也企图毁灭的暗之王。发觉这一点的暗之王子，在地底发出哀叹之后，得到了飞越天空的力量，前往艾莉丝所在之处。暗之王子在镇压暗之军势，向艾莉丝伸出手的同时，一个世界宣告了终结……
