故事以前作《科学小飞侠Crowds》的后续剧情展开。距离“立川事件”已经过了一年，当初贝尔库·卡切赋予尔乃美家累的力量“CROWDS”在日本首相菅山的推广之下已在人类社会当中广泛普及。然而仍然存在着对此感到不满的人们，此时菅山遭到不明人士的袭击，GATCHAMAN的全新战斗就此揭开序幕。
久世政近の隣の席に座るアーリャさんは、いつも彼に対して冷ややかな目線を向けている。 けれど、時々ボソッとロシア語で彼にデレていて……。 その言葉を政近も聞き逃しはしない。 なんと、政近はロシア語のリスニングがネイティブレベルだったのだ!! 気付いていないと思い込み、時々デレるアーリャさん。 そして、その意味を理解しながらも、気付いていないような振りをする政近。 ニヤニヤが止まらない、二人の恋模様の行方は——!?
某一日，对生活毫无干劲，只知道在网上购物的颓废男樱田纯（真田麻美 配音）收到了一封写着“上发条”和“不上发条”的信，好奇的他选择了前者，没想到，就因为这无意中的选择，一个充满神奇和争斗的残酷世界向他打开了大门。 名叫真红（泽城美雪 配音）的人偶出现在了纯的面前。原来，在百年之前，人偶制造的技术由于“蔷薇圣母”的发现而突飞猛进，于是，7个有自己的意识和思维的人偶诞生了。可是，制造者并不满足于此，他希望能够制作出最完美的人偶——爱丽丝，而怀着对制造者的爱，一场激烈的，夺取蔷薇圣母成为完美爱丽丝的战争在7个人偶之间展开。此时，新一轮的争夺即将开始，作为真红的新主人，纯会开始怎样惊险的冒险呢？
