故事舞台是在机动战士高达中的一年战争终结后七年。战争结束后一部份吉恩公国军事势力并未降伏继续在各地与地球联邦军发生军事冲突，因此地球联邦军内部强力主张追杀吉恩残余份子的激进排他势力泰坦斯（Titans）结成。由于泰坦斯对宇宙住民的强硬血腥镇压的手段，反势力奥干A.E.U.G.(台湾翻译为奥干，港译为奥古)结成。故事的开始于宇宙世纪0087年（U.C. 0087），前半主要围绕奥干和泰坦斯两派系的对抗，中段吉恩残余份子上阿克西斯(港译为阿古捷斯)登场，与奥干、泰坦斯角力周周旋，展开激战。
曾经，因为不满宙斯的残暴统治，由麒麟由达（石田彰 配音）和凤凰路卡（绿川光 配音）带领的天使们开始了反抗天界的叛乱。作为敌对方，天界派出了青龙豪（森川智之 配音），玄武真（樱井孝宏 配音），朱雀礼（宫田幸季 配音）和白虎凯（吉野裕行 配音）四圣兽来镇压叛乱，最终，由达和路卡被封印，而四圣兽也因为各自的原因而封印了能力流落到人间。 故事从四圣兽打破封印的时刻开始，一股来自地狱的邪恶力量正在危害人间的和平和安全，为了保护世人，四圣兽决定重新开始漫长的战争。而站在这股邪恶力量背后的，正是他们曾经的伙伴和敌人——由达和路卡。
某日突然现身于静冈的异星文明"Gaizok(ガイゾック)".开始侵略地球的行动.在数百年前逃避追杀而来到地球的神氏家族的后裔们,决意守护这个第二故乡.发动先祖遗留下来的巨大宇宙船"帝皇比亚路(キングビアル)"以及巨大合体机械人"赞波3(ザンボット3)",展开连番恶斗. 然而,神氏家族的付出却被百姓们所厌恶,认为他们就是招来Gaizok的元凶而遭到迫害.尽管被不信任,被出卖,被排挤,胜平一家还是坚持自己的立场,保卫地球......
真新镇的少年年满10岁之后，就可以得到训练神奇宝贝的资格。10岁的少年小智（松本梨香 配音）以成为最厉害的神奇宝贝训练大师为目标，即将踏上了修行之旅。小智因为早上赖床迟到，险些失去挑选神奇宝贝的资格，无奈下他领走了一只被挑剩下的神奇宝贝——皮卡丘（大谷育江 配音）。皮卡丘又名电气鼠，虽然长相可爱，但性格含羞内向却又不亲近人类，稍有不满就乱放电电人，暴躁的脾气让小智吃尽了苦头。大木博士把神奇宝贝图和宝贝球作为践行礼物送给了小智。在小智和皮卡丘的前方，神奇宝贝的世界有许多谜题和探险在等着他们，迎接他们的到底是光明还是黑暗，小智能否如愿成为神奇宝贝大师呢？
“友情是守护世界的关键”。 那是一个科学能够解决所有的问题，梦幻般的世界。故事发生在一座大型岛屿上，天真烂漫的14岁少女―一色茜，与妹妹、祖父一起过著贫困但安稳的日子。 突然，危机袭向世界，以夺取示现引擎为目的的谜之敌人―Alone出现了。在现有武器都没办法击破敌人的状况下，主角身穿强大的神秘武装服，与同伴们一起作战。 她们的友情正是拯救世界的唯一希望。
