全人类因谜般的现象而在一瞬间石化，之后过了数千年——。 拥有超越人类的头脑，天生的科学少年·千空苏醒了。 “从石器时代到现代文明，要跨越这科学史上的200万年！”。 在这走投无路的状况中，千空寻找着伙伴，决心取回原先的世界！
家里由于一场火灾，再加上不负责任的爸爸，使得年仅12岁的南云孝士在一夜之间就变得无家可归、身无分文且无依无靠。饿倒在路边的他，由于一场因缘际会而当上宿舍管理员，然而这间宿舍的房客竟都是女子大学的学生！而且这间宿舍的房客，全都是些异于常人，而且别有隐情的大姐姐！少年宿舍管 理员有点色色的奋斗记，就此开幕。
我是圭太，一名正准备中考的学生。 我正在一对双胞胎姐姐的帮助下努力学习。 但该说是幸福呢还是不幸呢，两人都超积极！ 而且都是回头率十分高的美少女。 究竟这禁忌之恋能否实现呢？…… 啊不是！是能否考上高中呢！？ 当初圭太虽表现得很讨厌，但逐渐和双胞胎姐姐亚香、理香的距离缩短了…… 在姐姐们各自的要求下，嘴唇曾几次互相重叠。 在不知不觉间已向禁断的二等边三角关系迈进……
天医会综合医院，统括诊断部。 这里汇聚了其他医生认为“难以诊断”的患者。 甚至连警方都束手无策的“杀人案件”与“谜团”也…… 天才医生天久鹰央将揭开这些离奇“疾病”背后隐藏的惊人真相！ “这个疾病（谜题），由我来下诊断——！！”
浩瀚世界的某个神秘角落，残存着深不见底的巨大洞穴。据说里面藏着各种怪物和宝物，每深入一层，所知所见便愈加稀有。正因为这无穷无尽的魅力，吸引着为数众多的“探窟家”冒着被诅咒的危险前往深渊。级别最低的红笛莉可（富田美忧 配音）生活在一个孤儿院中，而孤儿院则培养他们探索深渊的各种技能，并把带回来的宝物上交。这一天，莉可在深渊意外发现一个高度方针的机器人，随后将其带回孤儿院，并起名雷古（伊濑茉莉也 配音）。有意思的是，雷古对自己机器人的身份倍感困惑，更对身世一无所知。为了探寻雷古的身份，并且寻找贵为白笛的母亲的下落，莉可一行朝着深渊深处进发…… 本片根据日本漫画家土笔章人创作的漫画作品改编。
故事发生在名为赫尔沙雷姆兹·罗特的虚构城市中，时空扭曲让异世界和人类世界发生了联结，生活在异世界中的古老种族“血界眷属”因此降临，给人类的安全造成了极大的威胁。为了维护世界的和平，一个名为“秘密结社莱布拉”的秘密组织在暗地里活跃地行动着。 雷欧（阪口大助 配音）本是一个平凡的少年，机缘巧合之下，他误打误撞加入了莱布拉，成为了惩奸除恶的一份子，继而结识了外表粗犷内心温柔的克劳斯（小山力也 配音）、个性开朗油嘴滑舌的扎普（中井和哉 配音）和外表普通实则是狼人的钱皇（小林优 配音）等人。这些志同道合的好友让雷欧的生活拉开了别样的序幕。
