兄弟战争

小五郎应京都寺院的邀请，前往京都调查寺内八年前佛像盗窃事件。寺院早前得到佛像下落的线索，是一件有不同图案的图画，提供给小五郎，以便尽快寻回佛像。同时间，东京、大阪和京都发生杀人事件，三个城市的警方调查后，发现事件中的死者都是盗贼团“源氏萤”的成员，毎人都有一个代名，以《义经》内的传统人物命名。 服部亦因此事，前往京都调查杀人事件的真相。期间遇上柯南，两人一起调查两宗事件，发现两宗事件都有共同点，有助解开八年前佛像盗窃事件。在调查期间亦发生杀人案，服部因此而受袭，和叶亦因查找施袭者线索而被人挟持。

　　位于东京西部的巨大“学园都市”。在总人口达230万人，其中约8成是学生的这座都市中，实施着超能力开发的特殊课程，学生们的能力被给予从“无能力Level 0”到“超能力Level 5”的六阶段评价。                                    
                               　　高中生上条当麻，也是住在学园都市的学生之一。他由于隐藏在右手中的力量——只要是异能之力，就连神的加护都能消除的“幻想杀手Imagine Breaker”，而被评价为名落孙山的“无能力”，过着充满不幸的人生。                                    
                               　　而上条的学生生活，由于暑假开始时从天而降的纯白修女而发生了巨大的变化。自从与逃离“魔法”世界的她——“禁书目录茵蒂克丝”相遇开始，上条就被卷入了各种各样的事件中。统率学园都市的“科学”方、与茵蒂克丝关联的“魔法”方，在惊险地解决双方事件的过程中，他的人际关系也逐步扩展。之后，魔法一方的十字教最大宗派罗马正教，终于注意到上条的存在……。                                    
                               　　如同呼应魔法方一般，科学方的学园都市也有所动作。但也有与逐渐开始对立的世界动向抗争的人不断出现。那些通过与上条有所关联，而使命运大为改变的“英雄”们。                                    
                               　　他们挺身而出与世界对峙。如同上条当麻做过的那样。                                    
                               　　科学与魔法第三次交织之时，故事将大幅推进！！ 

　　大门大意外地遇到了亚古兽，两人见面就大打出手，亚古兽战败后称大门大
　　为大哥，但是数码特搜部队（DATS）不容许未受其队员管理的数码兽留存在这个世界上，必需送回数码世界，而后汤岛告诉大若加入DATS他就可以跟数码世界的强敌战斗，大因此加入DATS，与淑乃及托玛组成小组，一同解决数码事件。
　　托玛发现日本的数码事件频率增加并非偶然，因此请假回到欧洲调查，发现根源来自于人类的七宗罪。而比丘兽的事情让大他们知道了其幕后黑手是究极体数码兽——墨丘利兽搞的鬼，也因此决定动身前往数码世界。而在数码世界，他们见到了一个人类小孩——郁人，他自称数码兽，对人类怀有怨恨。
　　历经艰难以后和汤岛老人会合并见到了墨丘利兽，墨丘利兽指责人类没有遵守约定，严重干扰了数码世界的秩序，对数码兽实施残酷的杀戮，然而汤岛却一再强调人类什么事情都没有做。最后谈判破裂，汤岛一面努力制造混乱局面，一面把大一行人送回了人类世界
　　，自己却留在了数码世界。回到人类世界的大家决定去见见郁人的父母。
　　在见到郁人的父母后，郁人拒绝承认自己人类的身份，在大的开导下，他才准备融入这个家庭，并希望回到数码世界，跟墨丘利兽告别。然而等待他们的，却是墨丘利兽的死亡，而杀死它的，就是曾经和大的父亲，郁人的父母以及汤岛、萨摩一同前往过数码世界的仓田。最后，大门大为DATS中唯一一位留在数码世界者。@yakutv.cc

　　由于初中不幸的遭遇，个性十分要强认真的少年三桥廉（代永翼 配音）放弃了良好的升学条件，决心单枪匹马远赴位于埼玉县的西浦高校就读。社团招新的当天，在半推半就之下，三桥加入了刚刚转型成功的棒球部担任投手的位置。一段高中校园中的热血棒球史诗就此展开。
　　棒球队中，三桥结识了一帮志同道合的好友，在充艰苦的训练和激烈的比赛中，彼此结下了深厚的友谊。个性大大咧咧但又不失细腻的捕手阿部隆也（中村悠一 配音），叛逆不羁又格外可靠地外野手花井梓（谷山纪章 配音），视力惊人的三垒手田岛悠一郎（下野纮 配音）等人，在教练百枝麻里亚（早水理沙 配音）的带领下，他们向甲子园的荣誉不断的前进着。

　　在散发着青春朝气的圣条学院，高一新生井上心叶（入野自由 配音）偶然结识了高二前辈天野远子（花泽香菜 配音），由此加入了天野担任部长只有她一名成员的文学部。天野是个奇怪的女孩，文学对她来说就是味道不同的食物，她拒绝着写满文字的纸片，动人优美的笔触甘之若饴，糟糕的文字则如鲠在喉却不忍弃之。除此之外，他们还面对全校开展代写情书的业务，只不过应者寥寥。这一天，信箱里收到久违的信件，可是纸上却只有一幅涂鸦。经过查询，那个涂鸦竟然来自诗人兼童话作家宫崎贤治。看似是一桩恶作剧，但却勾起了心叶对天才文学少女井上美羽和那名自杀女孩的痛苦记忆……
　　本片根据野村美月的轻小说改编。

在电视动画系列准备播放最后动画结束的第十三话时，京都动画另外要求原本系列动画制作人员以及角色配音人员另外推出特别篇“AIR in Summer”，在《山路～mountain path～》（やまみち～mountain path～）与《天地～universe～》（あめつち～universe～）。其中尽管在《AIR》的电视动画版本中已经有提到“Summer篇”的剧情，但是实际上动画的故事内容仍然比游戏的故事内容删减许多。因此这2话的内容中便是直接从原先动画第八话开始，扩充原本于第九话和第十话的“SUMMER篇”角色故事部分。内容则是以柳也作为主要观看事件的人物，描述在与神奈以及里叶出发去寻找八百比丘尼的旅途中所发生的故事。特别篇的动画在经过更加精细的制作后，于2005年8月28日和9月4日同样于在BS-i上首次播出。

　　由于King Records的疏忽，电视动画和第3季同时开展的梦想土崩瓦解……                                    
　　到底两人能在动画播放之前幸存下来吗…… 

　　简介：完全不相信妖怪存在的芦屋花绘，某天突然被一个毛茸茸的妖怪缠上，从此“葬送”了平凡的高中生活。