在不远的未来，海平面原因不明地急速上升，导致了地表多数都沉入海中。 小时候因为事故而失去一条腿的少年斑鸠夏生，厌倦了都市的生活，移居到了海边的乡村小镇。 曾经身为海洋地质学家的祖母留给他的，就只有船、潜艇还有债务。 夏生为了取回“失去的未来”，潜海前往据说沉睡着祖母遗产的海底仓库。 在那里，他遇到了一位沉睡在如同棺材一般装置中不可思议的少女“亚托莉”。 她是一位构造精密到与人类别无二致，而又感情丰富的机器人。 从海底被打捞起来的亚托莉如是说道。 “我想完成主人留给我的最后的命令。在此之前，我会成为夏生先生的腿！” 在一个逐渐沉入海中的平静小镇，少年和机器人少女的难忘夏日就这么开始了。

自全人类被神秘现象瞬间石化之后，已过去了几千年—— 千空，一个有着超越常人的头脑，彻头彻尾的科学少年醒来了。 面对着文明已经灭绝的石之世界，千空决心以科学的力量重建地球，他找来了同伴，建立起了“科学王国”。 但是，他们碰上了由灵长类最强高中生狮子王司统领的“武力帝国”。 司为了净化人类，决心以强大的武力，阻止科学的发展。 经过科学与武力的大战，千空等人的科学王国取得优势，两国最终和解。 司因为背叛而陷入了冷冻睡眠状态，而千空为了复活全人类，决心率领科学王国前往石化光线的产生地——地球另一头的新世界。 迈向全世界，解开石化之谜！ 石世界的大航海时代终于拉开了序幕！

太田垣康男による近未来の宇宙開発時代を描いたSFヒューマンドラマをアニメ化。本作は第1シーズンからおよそ3ヵ月の休止期間を挟んで放送された。猿渡吾郎とロストマン、登山のパートナー同士であった二人は別々の道を歩み、それぞれの形で宇宙を目指す。アメリカ宇宙軍で力を付けていくロストマンだが、部下の機体が消息を絶ってしまう。一方、吾郎のいるISS（国際宇宙ステーション）でも事故が発生。宇宙という雄大な世界に男たちが挑む……。第2シーズンも前作の監督・鈴木行ら同様の制作陣が集結。アニメの制作を『ミルモでぽん！』などで知られるスタジオ雲雀が務めた。

全人類が、謎の現象により一瞬で石化して数千年――。 超人的な頭脳を持つ、根っからの科学少年・千空が目覚めた。 文明が滅んだ石の世界(ストーンワールド)を前に、千空は、科学の力で世界を取り戻すことを決意。新たな仲間を集め『科学王国』を作りあげる。 しかし、そこへ霊長類最強の高校生・獅子王司率いる『武力帝国』が立ちはだかる。 人類の浄化を目指し、強大な武力によって科学の発展を阻止しようとする司。 科学vs武力の戦いは激闘の末、千空たち科学王国が優勢となり、両国は遂に和解する。 仲間の謀反によってコールドスリープ状態になった司、そして、全人類を復活すべく、 科学王国は石化光線の発生源、地球の裏側・新世界を目指す！ 世界に飛び出て石化の謎を解き明かす！ 石の世界(ストーンワールド)大航海時代がついに開幕する――!!

西暦5012年。 突如地球へと飛来してきた＜エイリアン＞と、 彼らが生み出した＜機械生命体＞により、 人類は絶滅の危機に陥った。 月へと逃げのびた僅かな人類は、地球奪還のため、 ＜アンドロイド＞の兵士を用いた反攻作戦を開始。 しかし無限に増殖し続ける＜機械生命体＞を前に、 戦いは膠着状態に陥る。 人類は最終兵器として、 新型のアンドロイド＜ヨルハ＞部隊を 地球へと派遣した。 西暦11945年。 「第243次降下作戦」が決行され、 新たに＜ヨルハ＞部隊の＜2B＞と＜9S＞が 地球へと派遣される。 両名は機械生命体の基幹ユニット＜アダム＞及び ＜イヴ＞の撃破に成功。 これを敵の殲滅、及び永きに亘る 戦争終結への好機と捉えた＜人類軍＞は、 機械生命体に対し総攻撃をかける決断を下す。 これは運命に翻弄された＜アンドロイド＞たちの、 戦いと願いの記録――。

―――ふたりを繋ぐ“勇気” 人型装甲兵器『ティタノストライド=通称TS（ティーエス）』が発達した時代。 各国軍は“ハワイ オアフ島”に集結。 陸上自衛隊所属 イサミ・アオと アメリカ海兵隊所属 ルイス・スミスのふたりは戦闘の最中出逢う。 突如所属不明機による強襲を受け、為す術もなく散っていく兵士たち。 己の誇りをかけて戦え。 死と隣り合わせの戦場で生き残る為。 仲間を救う為。 命を信じて、“勇気”を燃やせ。