神奇阿呦第二部全集故事讲述的是在神奇阿呦第一季最后一集中阿呦为了给小米去掉颜料，前往别的星球，机器流星人利用阿呦的善心逃脱，却引来了一个真正的流星人阿巴。阿呦把流星人阿巴带回小米家，但小米嫌它吵，阿巴就跑出去了。阿巴觉得实现别人的愿望很难，很伤心，想要回宇宙。
一个叫“怪物山”的地方，生活着很多中国古代神话传说中常见的神仙和小怪物，怪物山的产权继承人为了重现怪物山的繁荣，开办了一个模拟游乐园的公司，招收很多性格各异的同伴，经历各种困难各种趣事，终于经营成为一个欢快的大乐园。
简介："传说很久很久以前，地球上人类与万物共存，其中也包括妖！在惠山一带一个普通的村庄，村民过着日出而作，日落而息的纯朴简单生活。忽然一天一只妖怪——青毛狮妖的出现，打破了村民这平静的生活，青毛狮妖拥有邪恶力量，它经常化身为人形怪物潜入至村窃偷牲畜和粮食，后来更变本加厉，抓捕村庄里的小孩子去修炼，祸害人间，令百姓叫苦连天！百姓们为求平安安康只好拜神求仙，仙界的金意玉女阿福阿真伶悯人间的疾苦，下凡到人闻日金缴饰法，将青毛狮低封印在墓山山洞中……惠山从此得已安宁。百姓们感念神恩，根据 阿福阿喜的形象陶制了泥人塑像，供奉家中以求平安，这个习俗一直延续至今。"
水神共工为了争夺人间的主导权，与水神祝融发动了一场大战。共工撞倒了托举苍天的不周山，导致天河倾泻，洪水泛滥。共工企图用洪水控制人类。 鲧受命治水，为堵住洪水，鲧偷盗天物息壤，被天雷劈死。死后尸体化成一座大山，大山孕育了禹。禹出生后，结识了庚辰、伯益，和修行五百年的耳鼠，并救下受伤的应龙。舜将禹等带回都城，培养成才。正值洪灾加剧，舜不得已派禹等人治水。共工得知此事，率领一群妖神一路阻难。 禹经过涂山，邂逅女娇，坠入了爱河，却发现女娇中了共工手下无支祈的魔咒，即将变成石头。大禹毅然与女娇结婚。在变成石头前，女娇魔咒解除，还将开山斧交给禹。无支祈大怒，掳走禹的部下竖亥。禹救出竖亥，并将无支祈镇压在淮河。然后告别女娇，前往黄河治水。共工早已在黄河和去黄河的路上设下圈套。历经艰险与失败后，禹终于找到了治水方法——堵不如疏，破了共工的局，解决了黄河水患。正当禹要与女娇团聚时，又传来旱魃作乱、赤地千里的消息。禹打败旱魃，结果水火失衡，导致共工力量突增。共工召唤出九头蛇怪相柳进攻都城，又放出无支祈水淹涂山。是拯救天下百姓，还是去救女娇，两难之中的禹最后选择了前者，消灭了相柳。而女娇在无尽的等待中心死，变成石头。此时相柳尸体又化成毒液，即将流毒天下，禹不得不重走父亲老路，偷盗息壤，堵住了毒水。天将问罪，鲧为禹挡住天雷，粉身碎骨。禹终于回到女娇身边，悲痛万分。众人齐心协力，与共工决战，终于将其打败，天下再无水患。而禹则决定永远陪伴女娇石像，舜屡次征召要让出帝位，禹不为所动。终于某一天，女娇复生，还生下启。禹这时才接受舜的禅让，并请求天帝释放共工，令其戴罪立功，守护百姓。一个太平时代开启了。
这个星球被DS（达摩克里斯）科技军队占领，强AI（人工智能系统）是这个军队的首领。反抗AI和DS的鹰隼部队，对疯狗镇（DS试验场）进行肃清。原为疯狗镇电工却拥有既视感（短暂预测未来）的马三、神秘女子洛凝和改造人翎以及黑客小海一同反抗并逃亡。疯狗镇的主人（“神父”莫比）乘火箭逃离殖民星球，疯狗镇的众人即将被火箭烈焰活活烧死，马三为救众人连接了AI天眼卫星，成功阻止神父并和众人逃出了疯狗镇，这一举动暗示马三可能来自DS，马三也开始对既视感的来源产生怀疑？ 众人来到被一群末世难民占领的废弃驿站，这里的首领封子昂认出马三，称呼他为长官，随即自愿帮助马三找回记忆，但殊不知，这只是一场阴谋的前奏……
