神奇阿呦第二部全集故事讲述的是在神奇阿呦第一季最后一集中阿呦为了给小米去掉颜料，前往别的星球，机器流星人利用阿呦的善心逃脱，却引来了一个真正的流星人阿巴。阿呦把流星人阿巴带回小米家，但小米嫌它吵，阿巴就跑出去了。阿巴觉得实现别人的愿望很难，很伤心，想要回宇宙。
少年秦烈为守护唐思琪，不顾境界相差悬殊和梁少扬对战，同时他体内沉睡的力量开始慢慢觉醒。器具宗在玄天盟派八大门派围攻下，遭遇到宗门存亡危机！秦烈答应器具宗宗主誓死守护器具宗，与此同时，七煞谷谷主鸠琉瑜却带着最强大的秘密武器偷偷潜入灵坛，打算夺取秦烈的性命……
迷糊博士从遥远的星系来到童话星球，想要找出能成为超星萌宠铁拳虎伙伴的人。猪猪侠因好奇走进迷糊博士的古董店，从而发现了一个意外的秘密，铁拳虎本身就是猪猪侠的爷爷创造出来的神奇智能生命。 猪猪侠原本过着普通人的生活，对迷糊老师告诉他的知识和理想毫无概念与兴趣。迷糊老师不得不换个方式，让猪猪侠感受星际穿梭的魅力。猪猪侠完全折服于宇宙的博大奥秘中，接受了迷糊老师的邀请，正式成为了一名星际特工，从此与神奇的萌宠展开新的篇章。
