神奇阿呦第二部全集故事讲述的是在神奇阿呦第一季最后一集中阿呦为了给小米去掉颜料，前往别的星球，机器流星人利用阿呦的善心逃脱，却引来了一个真正的流星人阿巴。阿呦把流星人阿巴带回小米家，但小米嫌它吵，阿巴就跑出去了。阿巴觉得实现别人的愿望很难，很伤心，想要回宇宙。
隐仙山上，林阳一直被师父贬低称自己资质平庸，被派下山寻找极阴体质的圣女以双修提升修为。于是他带着师父的教诲和一颗求道之心，踏上了这条充满挑战的修行之路。在一次偶然的救助中，他以仙术治愈了一位重伤之人（林父），伤者看林阳神力通天，于是邀请其参加“仙道大会”，林阳欣然接受，并决心在大会上进入仙门！然而，他所不知的是：自己其实早已达到了大罗帝境，只是这份力量深藏不露，待到关键时刻必将震撼世人，引领他走向仙道的巅峰！
少年秦烈为守护唐思琪，不顾境界相差悬殊和梁少扬对战，同时他体内沉睡的力量开始慢慢觉醒。器具宗在玄天盟派八大门派围攻下，遭遇到宗门存亡危机！秦烈答应器具宗宗主誓死守护器具宗，与此同时，七煞谷谷主鸠琉瑜却带着最强大的秘密武器偷偷潜入灵坛，打算夺取秦烈的性命……
平凡的世界里需要英雄来维护正义，这次出击的是超级飞侠！
