心爱在木造房屋小镇度过的第二个夏天即将结束，季节即将变成各种盛大活动满载的秋季。不论是在学校还是在Rabbit House，都有很多开心的事情！心爱、智乃以及大家都难以抑制对未来的期待……！
“我……杀了弱小的自己。 才不会让给你————————两仪式” 意外事故以来，两年。 持续昏睡中的两仪式，一直都触摸着“死”，同时也畏惧着“死” 终于觉醒了。 但是等待着她的是，饱含深深孤独与绝望的景色。 所失去的是一直在同一容器中，常在一起的碎片“织”。 得到的是能直视万物死之线的异形之力“直死之魔眼”。 带着连两仪家都所不知的，为了能到达报复养育式这一存在的结果。 很喜欢做梦，织。 抱着深深的杀人冲动，织。 现在已经哪都不在了。 即使因无法言喻的丧失感与死的感触使少女变的空空如也。 即使察觉到对于灵体来说，这样的容器是他们所追求的最高目标——。 有一位少年想要守护这样的少女。不，应该称为青年了。其名叫黑桐干也。 他的上司玲珑是位非常美丽的人偶操纵魔术师，不过现在只是工房“伽藍的堂”的老板。其名曰苍崎澄子。 某天，澄子想和式见面。以什么名义去见她呢？ 姑且以生活指导员的名义吧。为什么想去见她？那是缘分。 一见，时间缓缓流逝。但是终于迎来了结束。 某夜，为了空空如也的容器，灵体为了肉体来袭击了。 刹那，少女眼中映现出的是能抓住死之凶煞静谧的线。握在手中的是小刀。闪耀的瞳孔。如斯，少女决意自身的四肢迈出第一步。
人间体乡秀树的梦想是成为一名出色的赛车手，可这个梦想在第一集中破灭了——乡秀树为了救一个为救小狗鲁莽行事的小孩而不幸被残暴的怪兽杀害。和他共事的挚友坂田（女朋友秋子的哥哥）把他们刚合作完成的赛车点燃以悼念死去的乡。 当乡又复活时所有人都感到不可思议，乡被杰克·奥特曼赋予 了新的生命。此后，他就可以变身成为杰克·奥特曼为保护地球而战斗了。杰克奥特曼是强大的奥特战士，同时也是热爱人类的宇宙英雄。
大学一年级学生·都仓碧因机缘巧合而来到咖啡厅“Rainy Color”打工。在那里他遇到了冷淡的帅哥岩濑启一、举止轻率的樱木凉太、温柔又是女性杀手的老板古贺紫苑、以及过于自由奔放的店主天见浩司。这是在“Rainy Color”展开的真心喜剧！
奥尔法兽事件过后，随着时间流逝，御台场地区也渐渐复兴著。 “回到日本之后，我就决定一定要去大大的澡堂泡澡！”因为美美这句话，加上为了欢迎新加入的伙伴芽心和缅因猫兽，大家前往附近的温泉主题公园。虽然度过了一段开心的时光，但是这儿并没有阿丈的身影。 面对高考临近的事实，他在高考和“被选召的孩子们”的使命之间产生了烦恼。“为什么又必须是我们去面对啊？” 这个时候，在御台场再度出现了感染的数码宝贝、这是拥有着高傲灵魂的奥加兽。而看着电视中奥加兽的暴走，美美和巴鲁兽决定出击。“必须要让人们知道，也有好的数码宝贝！” 然而，美美和巴鲁兽无视光子郎而参与的战斗，却造成了意想不到的结果。各自怀揣烦恼的阿丈与美美。在月岛综合高中文化祭当天，一个男人出现在了他们面前。 如今，冒险再度进化……
