《果宝特攻3》讲述了 菠萝吹雪 偶然间穿越到了 古代 的水果世界。古代水果尚未经过培植改良，都是野果， 菠萝吹雪 从他们身上学习到中华兵法及古代书画，立志成为为民除害的 英雄 。 菠萝吹雪 开始修复时光机的 旅程 ，竟然遇到了水果伙伴们的 祖先 ，最后帮助他们打败了 火龙果 ，并顺利回到 现代 。
萧炎，主人公，萧家历史上空前绝后的斗气修炼天才。4岁就开始修炼斗之气，10岁拥有了九段斗之气，11岁突破十段斗之气，一跃成为家族百年来最年轻的斗者。然而在12岁那年，他却“丧失”了修炼能力，只拥有三段斗之气。整整三年时间，家族冷遇，旁人轻视，被未婚妻退婚……种种打击接踵而至。 就在他即将绝望的时候，一缕幽魂从他手上的戒指里浮现，一扇全新的大门在面前开启！萧炎重新成为家族年轻一辈中的佼佼者，受到众人的仰慕，他却不满足于此。为了一雪退婚带来的耻辱，萧炎来到了魔兽山脉，在药老的帮助下，进一步提升自己的修炼级别……
汉朝末年，董卓挟天子以令诸侯，战神吕布为其征讨，四方群雄并起。而大势决断，竟尽出一家之手，水镜门下八奇，谋冠天下。就在此时，一个神秘的刺客跟随他的商家主人悄然走进这个时代，牵出群英纷争，乱世无常……
大头儿子（刘纯燕 配音）尽管聪明懂事，却到底只是个孩子，无法克制内心里爱玩的冲动，耽误了学业，将这一切看在眼里的围裙妈妈（鞠萍 配音）十分焦急，不知该如何是好。某日，小头爸爸（董浩 配音）在偶然之中遇见了一位名叫王博士（林永健 配音）的神秘人物，王博士发起了名为“一日成才”的行动，声称能在极短的时间内制造天才。 望子成龙的围裙妈妈决定将大头儿子送到王博士处进行“改造”，而事情的结果也令她感到十分满意，然而，随着时间的推移，大头儿子身上开始慢慢浮现种种弊端，与此同时，王博士一手策划的阴谋亦渐渐浮出了水面。
