《果宝特攻3》讲述了 菠萝吹雪 偶然间穿越到了 古代 的水果世界。古代水果尚未经过培植改良，都是野果， 菠萝吹雪 从他们身上学习到中华兵法及古代书画，立志成为为民除害的 英雄 。 菠萝吹雪 开始修复时光机的 旅程 ，竟然遇到了水果伙伴们的 祖先 ，最后帮助他们打败了 火龙果 ，并顺利回到 现代 。
故事讲述的是受到指令机的召唤天乐与美美一起来到了彩虹国，为了拯救这个世界，他们与指令宝贝红宝开始了一段奇幻的冒险之旅。在这个旅程中他们了克服各种困难，结识了更多同伴，最终凭着友情、爱与正义的力量拯救了彩虹国。
红小豆是一颗梦想着被吃掉的红豆，灵魂伴侣是一颗只会废柴技能的珍珠李建勋，还有毫无存在感的芦荟Anthony，会变大变小变漂亮的枸杞赵建国…… 红小豆每天都会在各种甜点、食品上“工作”，有时在红豆冰上堆雪人，有时在豆沙包里看电视，有时和建勋在珍珠奶茶里“海底探险”……它工作的时候总是遇到很有趣的事情，也和同事们聊聊豆生，尽管红小豆一直没有实现被吃掉的梦想，但是并不妨碍它在自己的世界里自得其乐，是个淡定的哲学家。
为从美杜莎女王手中夺取异火，萧炎在药老陪同下前往蛇人族居住的塔戈尔沙漠。却因口渴误闯绿洲，引来蛇人族高手月媚追杀。没有药老逆天协助的萧炎，眼看要被月媚杀死，生死存亡之际，幸得一位蒙面斗皇相救。不料蒙面斗皇一行人也为异火而来。美杜莎女王拒绝古河交换异火的条件，蒙面斗皇戳穿女王此刻是能量体，而真正的女王在某处准备吞噬异火，进化为斗宗。蛇人族攻击冒犯女王的古河等人，萧炎也在混战中感知到异火行踪，潜入女王所在的地心岛……
大启泰顺年间，太子封瑾琰常年卧病药石罔效，皇帝别无他法请国师伍年行招魂之法。却没想到伍年招来的，是九百年前开国太子封无豫的魂魄。随着种种事件的超能展开，一场延续了900年的覆国阴谋逐渐浮出水面。
叽歪老表是一对永不消停的“虫兄虫弟”。表哥大叽是来自北方“南漂”的瓢虫，天性憨直傻楞，但却好运爆棚，遇事总能逢凶化吉。表弟小歪是在南方本地生活的潮虫，满脑子都是精明算计的歪脑筋鬼主意，但却总是搬起石头砸自己的脚。两兄弟混迹在游乐园旁的草地，遭遇了形形色色的人和事，开始了他们不停作妖捣蛋的爆笑日常。
