《果宝特攻3》讲述了 菠萝吹雪 偶然间穿越到了 古代 的水果世界。古代水果尚未经过培植改良，都是野果， 菠萝吹雪 从他们身上学习到中华兵法及古代书画，立志成为为民除害的 英雄 。 菠萝吹雪 开始修复时光机的 旅程 ，竟然遇到了水果伙伴们的 祖先 ，最后帮助他们打败了 火龙果 ，并顺利回到 现代 。
异世界帕拉尼来袭，和平的拉贝尔遭到攻击。在入侵者伊赛德斯的强攻下，守护拉贝尔的节气守护结界被打破，二十四节气散落失踪。为了拯救拉贝尔，同时也为了解除帕拉尼的黑暗危机，新一代的花仙魔法使者雪城爱与帕拉尼王子埃里克一起，来到地球，收复散落的节气花信。
凌妙妙穿书成炮灰女三，还必须完成狗血的任务？挑拨原文男女主的关系也就罢了，还要攻略心狠手辣的病娇黑莲花慕声？！这有什么难的？天赐凌妙妙这就将你拿下~等等，好像剧情走向不太对，这黑莲花怎么频繁关注起了凌妙妙？难道，是妙妙的春天到了？
在未来，邪恶的天网率领着宇宙大军想要统治地球，司徒乐率领人类顽强抵抗，天网的部队节节败退。为了扭 转局势，天网派出大量怪兽回到过去，誓要把司徒乐扼杀在童年时期。在屡屡失败之后天网决定亲自回去收拾司 徒乐一行人。天网设下圈套，把司徒乐和钢铁飞龙送进《山海经》中的异世界，并驾驶亲手打造的机械山海怪兽，对司徒乐 他们发动猛攻。孤立无援之际，司徒乐和钢铁飞龙从《山海经》残页中发现了一股神秘的力量，并在这股力量的 帮助下召唤出了全新的山海神兽机甲。面对险象环生的山海世界，司徒乐和钢铁飞龙驾驶着全新的神兽机甲，一 次次击退了天网的怪兽，踏上了漫漫回家之路。乐乐与扶桑一战，出现了与现实世界中，跟丁佳宜极为相似的角色，危急情况下，救下乐乐，并触发了某种能 量，让钢铁飞龙5个机器人成功合体。打败扶桑的同时，也为下半部的故事发展留下悬念。
