Muv-Luv ATE全名为《Muv-Luv Alternative Total eclipse 》，全集动画片改编自《Muv-Luv Alternative》的外传小说。故事的时间设定在西元2001年，由于人类遭到地球外起源种(联合国称其为BETA)的侵略，正面临灭亡的危机，因此人类开始了先进战术机技术开发计划“XFJ计划”，各个国家均派遣了专门人员参与其中，该作讲述的就是这些被派遣过来的人员之间的故事。 （有虫子吃掉妹纸情节,反差极大,请谨慎观看.）
这就是九龙寨城，一个东方妖窟。怀旧的人们生活的反乌托邦，过去、现在和未来在城市景观中交叉。一部理想的爱情浪漫剧，生动地描绘了三十多岁的工作男女所赋予的秘密感情和与日常生活的关系。 名为鲸井令子的地产女职员爱上了同事工藤发，却发现对方在通过自己看“他人”。同时鲸井令子也意外地窥探到九龙的另一面，究竟是真实还是虚幻，唯有深空中母星悄然无声。
他转生成被称作拥有智慧的武器·剑，一边梦想着可以与装备者相遇，一边孤独地收集技能。有一天，他不小心踏进了会吸收魔力的枯竭森林，无法动弹之时，他遇到了作为奴隶遭受欺凌的黑猫族少女。芙兰正遭遇巨大魔兽的袭击，陷入了走投无路的境地。她拔出插在自己面前的他，并利用其力量摆脱困境，给他取名为师父，成为了正式的装备者。成为冒险者的芙兰和师父，为了磨练彼此的技能开始完成各项任务。芙兰为了达到顶点进化，师父则为了实现少女的愿望。猫耳少女和宠女剑的大冒险即将开始——
有着非凡的姿容，和卓越战斗力的少年·亚修。统领街头暴力团的他听到了，被手下所杀的男人在临死之际说出的“BANANA FISH”的神秘话语。与此同时，他与作为摄影师的助手来取材的日本少年·奥村英二相遇。两人决定一同追寻“BANANA FISH”之谜——
“成为名垂青史的恶役千金吧！少女越坏王子越爱！”最讨厌女主角常有的“好孩子发言”的我，转生为最喜欢的乙女游戏的恶役大小姐！既然如愿以偿而转世，我就要成为历史上世界第一的恶女！为此必须要有强大的头脑！这样努力……但是，越是当上恶役大小姐，就越能获得王子的好感？到底能成为留在历史上的恶女吗？
