Muv-Luv ATE全名为《Muv-Luv Alternative Total eclipse 》，全集动画片改编自《Muv-Luv Alternative》的外传小说。故事的时间设定在西元2001年，由于人类遭到地球外起源种(联合国称其为BETA)的侵略，正面临灭亡的危机，因此人类开始了先进战术机技术开发计划“XFJ计划”，各个国家均派遣了专门人员参与其中，该作讲述的就是这些被派遣过来的人员之间的故事。 （有虫子吃掉妹纸情节,反差极大,请谨慎观看.）
主角春日野悠和他的双胞胎妹妹穹在父母死于事故之后，来到了位于名叫奥木染的小村的祖父的家中，在那里开始新的生活。一边和不习惯的家务事奋战，一边还要照顾平时足不出户、什么事情都不会的妹妹穹，悠的生活变得异常艰辛。
在与昔日到访奥木染时认识的天女目瑛和依媛奈绪重遇、认识了新的朋友、和以前一样几乎没有变的城镇和人们。这令人怀念的回忆和温馨的环境，治愈着悠心中的伤痕。在这样的过程中，慢慢地发生了一些变化。儿时定下的只属于两个人的秘密约定以及所失去的重要东西的下落。还有，定下了这个地方的真正理由。很快悠注意到了对自己来说谁是重要的存在……
面对伤痕累累，一路蹒跚走过的她，悠要如何面对呢？在阳光灿烂的初夏天空下，故事，就这样开始了……
在蝴蝶屋结束修业之后，炭治郎等人抵达了下一任务的地方“无限列车”。在那里，短时间内有四十多人失踪。带着祢豆子的炭治郎与善逸、伊之助一行人，与鬼杀队的最强剑士“柱”之一的炎柱炼狱杏寿郎会合了。在通向黑暗的无限列车中，他们将面对潜伏在此的鬼。
設定・時間軸共にTVシリーズの延長にある作品。47話での放送打ち切りに伴いはみ出したTVシリーズの最終章である、グリフォン編の完結編部分と、1話完結のオリジナル・エピソードから成る。その中で12話の「ふたりの軽井沢」はダイアログの収録を先に行って、あとから絵を付けるプレスコで製作された。 なお、エピソードの順番はメモリアルLD BOX以降は発売順と異なる編成になっている。
时为公元2202年。 自从宇宙战舰大和号从那场单程长达16万8000光年、通往伊斯坎达尔的壮大航海中回归以来，已经过了3年——。 在“宇宙恢复系统”之下取回先前蓝色样貌的地球， 与卡米拉斯帝国缔结了和平条约。 在复兴的同时，为了防卫而进行的包含最新锐战舰安德洛墨达在内的新锐舰队的整备工作也在推进中。 伊斯坎达尔的丝塔夏的愿望也化为乌有，地球开始迈向扩军之道。 这真的是在无可替代的多数牺牲之后，大和所达成的真正的和平吗？ 期盼宇宙平稳的女神特蕾莎的祈愿，将大和邀往新的航海。 如今，席卷宇宙的加特兰蒂斯的威胁，正在逼近地球——。
人声鼎沸的赛场中，正在进行一场激烈的男女混合双打比赛。虽然结果早已内定，但是男组一方的面具男M意外击败女组。为了避免老板追杀，他和搭档落荒而逃，临行之际还不忘捎上心仪的对手S女士的玩具人偶。趁着夜色，他回到了从小生长的孤儿院。所谓孤儿院实际就是岌岌可危的破屋子，由好心的修女经营。面具男与孩子们快乐玩耍，同时见到了新来的美丽年轻修女。孤儿院愈加简陋，继续修缮，而丢掉工作的面具男却无计可施。就在此时，他接到老板打来的电话，原来S女士向他发起挑战，两人即将进行一场无规则大赛，获胜者将得到五千万日元的奖金。 为了给孩子们修房子，当然也为了见到梦寐以求的S女士，面具男M再度登上擂台……
