Muv-Luv ATE全名为《Muv-Luv Alternative Total eclipse 》，全集动画片改编自《Muv-Luv Alternative》的外传小说。故事的时间设定在西元2001年，由于人类遭到地球外起源种(联合国称其为BETA)的侵略，正面临灭亡的危机，因此人类开始了先进战术机技术开发计划“XFJ计划”，各个国家均派遣了专门人员参与其中，该作讲述的就是这些被派遣过来的人员之间的故事。 （有虫子吃掉妹纸情节,反差极大,请谨慎观看.）
故事围绕着一个外表看起来阴暗到会被周围人称为“贞子”的女高中生黑沼爽子展开，描述她通过努力逐渐消除周围人的误解，并得到友情与爱情的故事。有着浓黑长发，惨白皮肤的黑沼爽子的座右铭是“日行一善”，喜欢帮助他人，所以一直担任班级委员，由于小学时不小心得到了“贞子”这个绰号，导致周围人以为和她接触会受到诅咒而不敢与她交朋友。上高中后，在受到过自己帮助的同学风早的带动下，逐渐融合到班级中，被改称为“座敷童子”，认为“看到贞子笑的话会有好运”。爽朗王子与“贞子”女生的校园轻喜剧登场啦……
我一定会拯救你。 菜月昴打倒了魔女教大罪司教「怠惰」担当的贝特鲁吉乌斯·罗曼尼康帝，并与爱蜜莉雅重逢。两人在经历苦涩的诀别后终于和解，但那却是新的波澜的开端。 超乎想像、走投无路的危机，以及无情袭来的现实。 少年再次面对残酷的命运。
男孩子气的女高中生相泽智向初中前一直把自己当成男生的青梅竹马久保田淳一郎表白，却收到了“我也爱你！挚友！”的回答。想要被喜欢的男生当成“女孩子”看待！“男孩子气女生”校园爱情喜剧，开幕！
「 悲劇、2周目。｣ 人間の死肉を喰らう怪人“喰種”が潜む街――東京。 大学生のカネキは、ある事故がきっかけで“喰種”の内臓を移植され、半“喰種”となる。 人を喰らわば生きていけない、だが喰べたくはない。 人間と“喰種”の狭間で、もがき苦しむカネキ。 どちらの世界にも「居場所」が無い、 そんな彼を受け入れたのは“喰種”芳村が経営する喫茶店「あんていく」だった。 そしてカネキは自らが“喰種”と人間、 ふたつの世界に「居場所」を持てる唯一人の存在であると知る。 互いが歪めた世界を正すため、 カネキは“喰種”と人間の想いが交錯する迷宮へと立ち入るが…。 ――僕は“喰種”だ―― 全てを守れる「強さ」を欲したカネキが取った究極の選択は、 自らの人間的な部分を葬り“喰種”として生きることだった。 走り出してしまった決意。暴走する優しさ。 「強さ」の果てに、カネキが見たものとは…？ 原作者・石田スイが紡ぎ出す、もうひとつの「東京喰種」が幕を開ける。
一部军用的机械人在无人的情况自动启动、一个名为帆场瑛一的篠原重工天才程序员自杀；谁也没想到，两起无关事件却会在将来把东京带入恐怖中。 东京各处陆续发生了一系列机械人暴走的事情，经过特车2课的调查，发现可疑之处是一套新推出的机械人操作系统：HOS，而该OS是篠原重工的作品。更为严重的是眼下大部分的机械人都已更换为此系统，所以后藤他们认为潜在的危机是十分可怕的(如果东京内的大部分机械人一起暴走，那么东京就将毁灭)。但是没有任何的证据证明机械人暴走与HOS有关，为此后藤委托松井刑事协助调查。当调查到HOS主创人员帆场时，发现他早已把自己的过去资料抹去，唯有他的住处记录还存在着。松井追随着几年来帆场所暂住的地方，却惊异的发现帆场在这几年内竟然搬过20几次家，而每当线索带着他们来到其中的某一处地方时，那里似乎都是被新时代建筑所淘汰的过去回忆，时间的脚步仿佛已经开始在慢慢倒转着。甚至松井也不禁在怀疑：难道是帆场瑛一刻意带着他来看到这些被人们遗忘的角落？他到底想告诉我们什么？ 同时，特车2课第2小队的各位并没有闲着，在繁夫的帮助下，他们似乎找到了机械人暴走的条件：当风速达到40/S时与建筑物之间产生的共鸣，会使HOS中的隐藏功能对这个现象做出反映。而他们也意识到了：东京市内可以使所有机械人同时发狂的共鸣物，就是那个“巴比伦计划”、那个高耸入云的建筑、那个代表着人类欲望与技术结晶的建筑！此时电视传来了气象预报的声音：“预计今夜风速达40/S的台风将登陆东京，请做好防范准备......”
憧憬宇宙、不擅长表达的少女小之星海果，遇见了自称外星人、有心灵感应能力的少女明内幽。想去太空的海果和想回太空的小幽，想要用自己的双手建造可以飞去宇宙的火箭，故事就此展开。
宇宙世紀0079、地球連邦とジオン公国が戦った一年戦争の末期、サイド４のスペースコロニー群、ムーアはジオン軍の攻撃により破壊され、多くの住人が命を落とした。破壊されたコロニーや、撃沈された戦艦の残骸が無数に漂う暗礁宙域では、ぶつかり合い帯電したデブリによって絶えず稲妻が閃くようになり、いつしかそこは、『サンダーボルト宙域』と呼ばれるようになった。ムーア市民の生き残りで構成された地球連邦軍所属部隊、ムーア同胞団は、故郷であったサンダーボルト宙域の奪還を悲願とし、宙域のジオン軍を殲滅せんとしていた。連邦の進軍を足止めせんとするジオン軍も、義肢兵の戦闘データ採取を目的に設立されたリビング・デッド師団を展開。ムーア同胞団に所属しながら、故郷や自身の出自に束縛される事を疎ましく思うイオ・フレミングと、過去の戦闘により両足を失い、今はリビング・デッド師団でエーススナイパーとして活躍するダリル・ローレンツは、戦場で対峙した時、互いに悟るのだった。ふたりは、殺し合う宿命なのだと……。
在纷乱嘈杂的现代化城市——东京，蔓延着一种吞食死尸的怪人，人们称之为喰种。那一日，金木研——上井大学的一名普通学生——遇上了某位神秘女子，进而卷入了一场迷之事故。自此，充满波折的命运齿轮开始转动了……
