Muv-Luv ATE全名为《Muv-Luv Alternative Total eclipse 》，全集动画片改编自《Muv-Luv Alternative》的外传小说。故事的时间设定在西元2001年，由于人类遭到地球外起源种(联合国称其为BETA)的侵略，正面临灭亡的危机，因此人类开始了先进战术机技术开发计划“XFJ计划”，各个国家均派遣了专门人员参与其中，该作讲述的就是这些被派遣过来的人员之间的故事。 （有虫子吃掉妹纸情节,反差极大,请谨慎观看.）
サマーフェスから1か月が過ぎた頃、346グループ会長の娘で、米国の関連企業から戻ったばかりの美城常務がアイドル部門の統括重役として赴任する。成果が上がるまでの時間がかかりすぎている346プロの現状を問題視する常務は、全プロジェクトを解体して白紙に戻し、有望なアイドルを見定めて彼女らを中心に据える346ブランドの強化案を実行に移した。フェス後に順調に仕事を増やしてきたCPも影響を受け、プロジェクトルームも30階のオフィスから地階へと移ることになる。画一化されたアイドルの理想像を提唱する常務に対し、アイドル各人の個性の成長を重視するプロデューサーは対案として「シンデレラの舞踏会」企画を提示し、今期末（冬）までに一定の成果を出すことを条件に自由裁量権を得る。 強引な改革は346プロを徐々に変えていく。常務が有力なアイドルへの働きかけを続ける裏で、CPは「舞踏会」の為に更なるスキルアップに励み、その過程で常務の路線に難色を示す他部署のアイドルをも巻き込んでいく。やがて常務は自ら選抜したアイドル達で構成される新企画「Project:Krone」を発表するが、そのメンバー候補の中にはアナスタシアと凛も含まれていた。アナスタシアは自身の成長のためにあえて参加を決意し、その意を受けた美波と、CPの枠を越えてアイドル各人の将来を考え始めたプロデューサーの承認を受けて「LOVE LAIKA」との掛け持ち態勢に移る。一方、同じく「Krone」に選ばれた中学校時代の同級生・北条加蓮と、その相棒・神谷奈緒とのユニット「トライアドプリムス」に惹かれる「なにか」を感じた凛は卯月と未央に相談を持ちかける。未央は一度は「Krone」への参加に反発するが、凛が求めている「なにか」を自分なりに確かめるため、自分もソロ活動に挑戦することを宣言し、凛の背中を押す。 常務から各部署の査定会を兼ねるオータムフェスに急遽参加を求められたプロデューサーは、他部署からの応援を加えてCPを再編成する。
当艾伦释放出巨人的终极力量时，世界的命运岌岌可危。怀着消灭所有威胁艾尔迪亚的人的强烈决心，他率领一支不可阻挡的巨人大军向马莱进击。
在年糕山上住着一个名叫恰恰（铃木真仁 配音）的见习魔女，对于恰恰来说，与师傅塞拉维（泉类亨 配音），好友利亚（香取慎吾 配音）和席奈（日高法子 配音）一起修行的日子十分的快乐。恰恰拥有一块代表爱的魔法宝石，利用它，在好友的勇气和希望的配合下，即能变身成为法力高强的魔法少女，但这颗宝石为何会在恰恰的手里，这始终是一个谜。 原来，恰恰本是魔法王国的公主，可是，大魔王攻打了魔法王国，将她的父母变成了石像，所幸有塞拉维的营救，恰恰才逃过了一切。得知了真相的恰恰决定在伙伴们的帮助下替父母报仇，就这样，三人踏上了充满着危险的旅途。
以史实为基础的关于贞德的另一个故事就此开始了…… 身为贵族之子却整天埋头于研究魔术和炼金术的少年蒙特默伦西，在巴黎的王立骑士养成学校，身边聚集着布列塔尼公爵的妹妹里什蒙等众多的骑士、姬骑士候补，过着慌乱而又充实的每一天。然而，随着阿赞库尔之战的大败，法兰西王国与他们的命运都彻底地改变了。 巴黎陷落，骑士养成学校也被关闭，失去了一切、成为在逃流亡炼金术师的蒙特默伦西，在逃亡途中经过的村子里与不可思议的少女·贞德相遇了……。
一个神秘的名叫珠露露（ジュルル）的婴儿突然出现在少女们身边，最先发现她的真中啦啦因为各种原因自然而然地成为了她的母亲，暂时照顾她，升级为“妈妈”。此外，新系列中还将出现一个神秘三人偶像组合。分别是珠音，花音，日音。
