故事舞台是在机动战士高达中的一年战争终结后七年。战争结束后一部份吉恩公国军事势力并未降伏继续在各地与地球联邦军发生军事冲突，因此地球联邦军内部强力主张追杀吉恩残余份子的激进排他势力泰坦斯（Titans）结成。由于泰坦斯对宇宙住民的强硬血腥镇压的手段，反势力奥干A.E.U.G.(台湾翻译为奥干，港译为奥古)结成。故事的开始于宇宙世纪0087年（U.C. 0087），前半主要围绕奥干和泰坦斯两派系的对抗，中段吉恩残余份子上阿克西斯(港译为阿古捷斯)登场，与奥干、泰坦斯角力周周旋，展开激战。
故事发生在一个非常炎热的夏天，久坂悠（岸尾大辅 配音）是一名看上去对一切都毫不在意，非常冷漠的男子高中生。某日，一位名叫夜明瑛梦（水树奈奈 配音）的少女出现在了他的面前，而紧随其后对她进行攻击的，是名为魂兽的可怕怪物。 魂兽激发了隐藏在阿悠体内的特殊能力，原来，阿悠是一名魂兽使，能够通过操纵魂兽来获得强大力量，然而，操纵魂兽也要付出相应的代价，在操纵魂兽的同时，阿悠的心灵也会遭到黑暗的侵蚀，如果阿悠的精神来到了濒临崩溃的边界，他将彻底的被魂兽所吞噬，再也恢复不成人类的模样。
人的一生就像在一条充满分岔点的路上行走，当面对每一个十字路口时，不同的抉择会导致不同的命运。
本作是以解谜为题材的原创动画，Phi-Brain是指拥有黄金比大脑之人，而主人公Kaito作为Phi-Brain的候补者之一，为解开传说中的“神之谜题”而展开一场冒险。 热爱解谜的私立√（Root）学园高一学生大門Kaito，在偶然的机遇下挑战了潜藏在学园近郊地下遗迹中的“不可解之谜”，那是由神秘的智囊集团POG所制造的、招致生命危险的“贤者之谜”。被真相激怒的Kaito漂亮地攻克了贤者之谜，意外地从中获得了“Solver(解答者)”的指名。于是Kaito与青梅竹马的少女Nonoha以及其他拥有解答者身份的同伴们一起，以存在于世界各地的“贤者之谜”为舞台，与POG展开解谜对决。
男高中生比企谷八幡（江口拓也 配音）性格别扭，孤僻乖张，既交不上朋友，也不敢跟女生说话。老师布置了“回顾高中生活”的作业，他却通篇愤世嫉俗之言，最后还发出了“给我爆炸吧”的诅咒。老师因此强行将他带去了只有一个部员的“侍奉部”，希望可以改变他的性格。这个社团的活动，就是拥有者将以慈悲之心施予贫乏者，简单地说，就是侍奉部里的志愿者向有困难的人伸出援手。侍奉部部长就是校内无人不晓的雪之下雪乃（早见沙织 配音），她头脑聪明，长相可爱，却为人高傲。雪之下要纠正比企谷的问题，而他却表示不必。因此老师提议他们决一胜负，赢的人就可以随意命令输的人。 比企谷与雪之下接触之后，发现女神级别的她也有自己的烦恼，两人似乎有相似之处。想提出交朋友要求的比企谷，被高贵冷艳的雪之下一口回绝。这对男女真的能在侍奉部里谱写出恋爱物语吗，还是注定只是一个错误的青春喜剧？
某个大陆的、某个时代。 大陆南北分割的战争结束了，世界逐渐走向了和平。 在战争中、作为军人而战斗的薇尔莉特·伊芙加登离开了军队，来到了大港口城市。怀抱着战场上一个对她而言比谁都重要的人告诉了她“某个话语”――。 街道上人群踊跃，有轨电车在排列着煤气灯的马路上穿梭着。薇尔莉特在街道上找到了“代写书信”的工作。那是根据委托人的想法来组织出相应语言的工作。 她直面着委托人、触碰着委托人内心深处的坦率感情。与此同时，薇尔莉特在记录书信时，那一天所告知的那句话的意思也逐渐接近了。
3D立体視アニメーション化して『攻殻機動隊 S.A.C. SOLID STATE SOCIETY 3D』と改題された劇場版は、Production I.G初の自主配給作品である。タイトルロゴも攻殻機動隊 S.A.C.TVシリーズを踏襲するデザインに変更されており、オープニングは完全新作となっている。 観客が電脳化感覚を味わうことを目的に制作されており、電脳インターフェイス描画など飛び出す部分はOVA版（2006年）では見切れているため作り直されている。また、背景美術など当時の技術では実現できなかった色を出すためフルグレーディング処理が全カットに施されている。 東北地方太平洋沖地震の影響が残る中、メイン館新宿バルト9では公開初回から満席が続き、ミッドナイトショーを除き全回満席という高いシアターアベレージを得ており、2011年3月26日初日動員約2,500人、初日2日間の累計動員は4,580人、興収9,126,000円となり、全国9館の初日2日間の累計は動員11,768人、興収23,352,000円を記録した。 また、ぴあ初日満足度ランキング（ぴあ映画生活調べ）では満足度89.5で第1位と高い評価を得ており、20～30代を中心に3D作品やアニメの既存概念を打破する未知の3D映像という感想が多かった。 20日間で興行収入1億円を突破したため2011年5月7日からスクリーン数を3倍に拡大して公開することが発表された。
