故事舞台是在机动战士高达中的一年战争终结后七年。战争结束后一部份吉恩公国军事势力并未降伏继续在各地与地球联邦军发生军事冲突，因此地球联邦军内部强力主张追杀吉恩残余份子的激进排他势力泰坦斯（Titans）结成。由于泰坦斯对宇宙住民的强硬血腥镇压的手段，反势力奥干A.E.U.G.(台湾翻译为奥干，港译为奥古)结成。故事的开始于宇宙世纪0087年（U.C. 0087），前半主要围绕奥干和泰坦斯两派系的对抗，中段吉恩残余份子上阿克西斯(港译为阿古捷斯)登场，与奥干、泰坦斯角力周周旋，展开激战。
“我和她相遇了……，和虽然可爱却很‘奇怪’的学姐！” 非常喜欢变戏法，却因为怯场而导致失败率100%！？ 被这样的“学姐”强行要求加入魔术部，结果还被当成“助手”使唤……。 把街头艺人姐弟“阿咲”和“阿正”以及化学部的“斑”都给卷入其中， 学姐今天也精神满满、稍微带些色气地大失败！ 画面太美不敢看但还是想看的笨拙戏法搞笑动画！
在唐朝武明空统治时期，以主管全国大案要案的大理寺为舞台，讲述大理寺众人，在白猫少卿李饼的带领下，展开各种惊心动魄的破案冒险，向命运反抗，坚守自己内心正义的故事。
主角阿人（浪川大辅 配音）是个蓬头垢面的流浪儿，然而他体内隐藏着强大的力量。城内怪异事件频发，当阿人回到家中，发现相依为命的爷爷倒地不起。失去爷爷后的阿人和被他搭救过的阿姨生活在一起。 时过境迁，阿人长大成人，在又一次杀人魔肆虐的事件中，他重遇了昔日好友天城高雅（宫野真守 配音）和天城小叶（花泽香菜 配音）。在战斗中阿人被抓走，一个追寻他多年的神秘老人向他揭开了多年来的秘密。杀人魔其实是他们开发出来的PLAYER，失控后他们又开发了对抗杀人魔的武器——Z•E•T，即阿人。他左手上的“暴走之轮”，可以将怪物强制变回原貌，阿人是作为根除杀人魔的最后希望。阿人的“爷爷”是当年的研发人之一，他一心希望阿人可以作为普通人类生活。为了保护所爱之人，阿人下定决心要成为Z•E•T…
经过一番艰苦鏖战，救世主战部渡（瓦塔诺）终于和伙伴们打败了多古达及其暗黑军团，创界山（左开山）再次回复原本的秀美景色。在此之后，渡回到人类世界，和朋友们过着快乐的生活。然而好景不长，多古达的弟弟多坏达入侵与创界山息息相关的南斗七星星界山，七色彩虹失去色彩，黑暗重新笼罩大地。在这危急时刻，创界山的人民重新找回渡，请求他打败多坏达军团。渡从圣龙殿女王那里得到许多有用的道具，随后和龙神丸、忍部火美子（希米格）飞往星界山，与先行前往的剑部施巴拉古大师和古拿玛会合。激烈的正邪大战再一次拉开序幕…… 本片为《魔神英雄传》系列第二部。
